Estuari (muara) sering didefinisikan sebagai tempat bersatunya sungai dengan laut. Komunitas tumbuhan yang hidup di estuari antara lain rumput rawa garam, ganggang dan fitoplankton. Komunitas thewannya antara lain berbagai cacing, kerang, kepiting, dan ikan.Â
Bahkan ada beberapa invertebrate laut dan ikan laut yang menjadikan estuari sebagai tempat kawin atau bermigrasi untuk menuju habitat air tawar. Estuari juga merupakan tempat mencari makan bagi vertebrata semi air, yaitu unggas air.Â
Tiga estuari penting yang bermuara ke selat madura, diantaranya muara Sungai Porong, Wonokromo dan Kali Mas. Ketiga estuari ini dimanfaatkan oleh masyarakat setempat untuk aktivitas penangkapan dan budidaya ikan serta pariwisata.
 Estuari Sungai Brantas merupakan bagian daerah hilir dari Daerah Aliran Sungai Brantas yang terbesar dan terpanjang di Jawa Timur. Panjang total seluruh aliran sungai Brantas adalah 320 km merupakan salah satu sungai terbesar di Jawa Timur dan meliputi daerah pengaliran seluasnya 11.800 km atau seperempat luas seluruh propinsi Jawa Timur mencakup 5 kota, 11 kabupaten, dan 33 kecamatan (Tim Survey Ekologi Fakultas Perikanan IPB, 1979 dalam Daniel, 2007).Â
Daerah Aliran Sungai (DAS) Brantas ini terletak di Propinsi Jawa Timur antara 11031'-11255' BT dan 71'-815' LS. Hulu Sungai Brantas berasal dari Gunung Berapi Arjuno yang terbagi menjadi tiga cabang utama yang menuju pesisir. Sungai Porong dan Wonokromo merupakan cabang utama yang mengalir ke Selat Madura, sedangkan Kali Mas mengalir ke dekat Selat Madura setelah melalui Kota Surabaya. Iklim di wilayah DAS ini didominasi iklim monsoons.Â
Di bagian timur Pulau Jawa hanya terjadi satu kali musim hujan selama bulan November-April dengan rata-rata debit puncak sungai rata-rata tahunan sebesar 2220 mm (Jennerjahn et.al., 2003 dalam Daniel, 2007).
Sekitar 40 km sebelum kota Surabaya, sungai brantas terbagi menjadi dua cabang yaitu sungai Surabaya kearah timur laut dan sungai porong kea rah tenggara. Kedua sunagi ini merupakan sarana transportasi air sedimen utama kearah laut.
Selama musim hujan hampir 80% air sungai yang berasal dari sungai brantas dibuang ke arah sungai porong dengan debit 600m /det hingga mencapai 1200m/det pada kondisi hujan yang ekstrim (Hoekstra et.al, 1989 dalam Daniel, 2007). Hal ini dilakukan untuk menghindari terjadinya bajir di Kota Surabaya.
Kira-kira 10 km sebelum Kota Surabaya, Sungai Surabaya bercabang menjadi dua yaitu Kali Mas dengan volume air yang memasuki Kota Surabaya relatif kecil dan sebagian lagi menuju sungai Wonokromo di arah tenggara (30km sebelah utara sungai porong) mengalir ke arah Selat Madura.Â
Karena beban sedimen yang besar, estuari di Sungai Porong cenderung membentuk Delta. Pada musim kering aliran cenderung diarahkan ke Kota Surabaya dan debit Sungai Porong relatif rendah. Karakteristik Selat Madura merupakan campuran dari pasang surut diurnal-semidiurnal pada rentang mikro hingga mesotidal.
Diperkirakan 16 juta orang hidup di sekitar Sungai Brantas. Karena perkembangan penduduk yang sangat tinggi di DAS Brantas, sekitar tahun 1970-1980 dibangun beberapa dam dan reservoir untuk memenuhi kebutuhan listrik, irigasi dan pengendalian banjir.Â