Hal ini yang menjadi pedoman walisanga untuk mengenalkan ajaran Islam, mengenalkan Nabi Muhammad, dan mengenalkan Tuhan pencipta alam semesta, Allah SWT. Sunan Kudus bersama waliyulloh lainnya mengajarkan Islam sebagai agama yang penuh kedamaian dan keselamatan untuk seluruh umat. Dengan demikian, kita menjadi semakin paham mengapa terdapat banyak cara tradisi nusantara berkaitan dengan bagaimana warga masyarakat memahami Islam. Tak lain karena pada masa terdahulu pendakwah menyampaikan Islam melalui pendekatan budaya sesuai dengan daerahnya masing-masing. Serangkaian cara untuk mengajarkan Islam penuh kedamaian.
Seperti contoh berikutnya, Sunan Kudus sengaja menghindari makanan olahan daging sapi sebagai bentuk  menghormati umat Hindu yang sudah terlebih dahulu tinggal di Kudus. Masyarakat sekitar masih menganggap sapi sebagai salah satu hewan suci. Sebagai bentuk toleransi, Sunan Kudus meminta warga masyarakat mengganti dengan daging  kerbau.
Berdasarkan peninggalannya, pusat kota Kudus pada masa kesunanan berada pada wilayah masjid Menara yang kemudian dipindahkan oleh Portugis  ke wilayah Demakan.  Peninggalannya ada yang disebut dengan gapura Bentar dan gapura Padureksan. Perbedaan nyata keduanya ialah bahwa pada gapura Bentar sisi bagian atas antara gapura bagian kanan dan kiri tidak menyatu dan terkesan pecah, sedangkan pada gapura Padureksan bagian atas gapura  menyatu dan menaungi jalan di bawahnya.
Arsitektur Hindu Jawa dengan Islam juga terdapat pada tata ruang berlapis masjid Menara Kudus. Ciri khas akulturasi lainnya terdapat pada  pancuran di tempat wudhu pria. pancuran dengan kepala arca yang berjumlah delapan buah ini akrab dengan falsafah Budha yang berbunyi Astha Sang Hikamarga yang artinya delapan jalan utama.
Pada bagian dalam masjid terdapat gapura Padureksan yang telah mengalami perombakan supaya masjid terlihat lebih luas sehingga mampu menampung jumlah jamaah lebih banyak. Di antara tumpang gapura terdapat enkripsi huruf Arab yang kurang lebih diartikan pintu ini dibuat oleh penghulu tambak haji pada tahun 1214 H.
Selain arsitektur gapura, bentuk mihrab masjid Menara Kudus masih dipertahankan seperti bentuk aslinya yakni di atas mihrab masih terdapat batu prasasti. Adapun prasasti tersebut memiliki empat poin penting yakni
1. nama masjid merupakan masjid Al Aqsha
2. nama tempat di mana masjid ini didirikan yakni Al Quds yang sekarang lebih dikenal dengan Kudus
3. tanggal pendirian masjid yakni 19 Rajab 956 H atau 24 Agustus 1549 M.
4. siapa yang mendirikan masjid tersebut yakni Ja'far Shodiq atau Sunan Kudus.
Batu bertuliskan kaligrafi Arab kuno ini diyakini sebagai ijazah wilayah kepemilikan Sunan Kudus yang diberikan oleh amir Baitul Maqdis di Palestina.
