Selain pemerintahan, Raffles kerap aktif di bidang pengetahuan alam dan kebudayaan, terutama Ia sangat dekat dengan masyarakat Jawa. Dari sekian banyak jasa Raffles di Nusantara, tentu salah satunya terkait penulisan buku berjudul History of Java melalui serangkai penelitian yang luar biasa. Ia pun mendukung Bataviaach Genootschap, sebuah perkumpulan kebudayaan dan ilmu pengetahuan. Saat itu Raffles didampingi seorang ilmuwan bernama Dr. Joseph Arnold berhasil menemukan bunga Rafflesia Arnoldi jauh dalam hutan Bengkulu.
Selain itupun Ia merintis terciptanya Kebun Raya Bogor yang hingga kini masih identik dengan temuan bunga Rafflesia Arnoldi raksasa, dari Hutan Bengkulu tadi.
Sayang, pemerintahan Raffles hanya berjalan 5 tahun. Sampai tahun 1823,  Raffles menjadi Gubernur di Bengkulu, yang memang berdasarkan suatu perjanjian tidak diserahkan ke  tangan Belanda bersama Belitung,  dan Bangka.
Meski tak lagi berada di Hindia-Belanda, Raffles telah menerbitkan buku History of Java di tahun 1817. Buku Raffles ini adalah sebentuk dokumentasi keindahan Tanah Jawa, keadaan geografis, situasi kehidupan masyarakat Jawa, system pertemuan, bahasa, kepercayan, serta penemuan sejumlah benda dan situs bersejarah, salah satunya Candi Borobur di Magelang. Jawa Tengah.
Museum History of Java di Yogyakarta
Sejak tahun 2018, Museum ini berdiri di lokasi Jalan Parangtritis KM 5,5, Sewon, Kabupaten Bantul, Yogyakarta. Koleksinya telah menyampaikan berbagai pengetahuan sejarah dan budaya Jawa seperti halnya di dalam buku History of Java karya Raffles. Secara menyeluruh terdapat 5 lorong ruang koleksi dengan penceritaan yang sangat runtut, menarik, bahkan dilengkapi sejumlah spot foto instagramable.
Selain itu terdapat sebuah teknologi unik yaitu Augmented Reality dimana pengunjung dapat menscan obyen gambar 3D melalui layar ponsel. Namun terlebih dulu harus mendownload aplikasi "History of Java AR" agar seluruh obyek tersebut lebih nyata ketika dipotret.
