Dengan sistem ini, pesantren dapat berkembang kembali dengan baik dan cepat sehingga mampu menyaingi sekolah-sekolah Belanda seperti contoh pesantren Tebu Ireng yang memiliki lebih dari 1500 santri. Pada masa ini juga semakin memperteguh kesadaran para kalangan pesantren dan santri jiwa nasionalisme dan islamisme untuk bersatu dan mengatur dirinya secara baik.Â
Dampaknya adalah munculnya berbagai organisasi Islam yang ada di Indonesia, seperti Serikat Islam (SI), Muhammadiyah dan Nadlatul Ulama (NU). Organisasi-organisasi ini bergiat dan bergerak dalam hal membela dan meningkatkan kualitas beragama, bermasyarakat dan bernegara.
c. Perkembangan pondok pesantren pada masa penjajahan Jepang
Jepang menguasai Indonesia pada tahun 1942, setelah menundukkan Hindia Belanda pada perang dunia 2. Jepang masuk ke Indonesia dengan gelar "Asia Timur Raya untuk Asia dan semboyan Asia baru". Pada mulanya, jepang masuk ke Indonesia tidak menunjukkan kesadisannya akan tetapi mendukung Indonesia dalam mendirikan pesantren.Â
Namun, sikap yang dilakukan jepang hanya kamuflase belaka. Sikap dan kepeduliannya kepada Indonesia hanya siasat semata untuk menghancurkan Indonesia. Jepang menarik simpati orang islam dengan menerapkan kebijakan yaitu membangun Kantor Urusan Agama (KUA), para pembesar jepang sering membantu pondok pesantren besar yang ada di Indonesia, jepang memasukkan ajaran-ajaran yang identic dengan ajaran agama pada sekolah negeri, jepang memberikan kelonggaran kepada islam untuk mengurus organisasi islam.Â
Hal itu tidak bertahan lama, karena ada desakan sekutu jepang bukan malah mendukung tapi  berbuat semena-mena dan lebih kejam yaitu dengan memberhentikan seluruh kegiatan pendidikan. Sekolah dirubah dengan kegiatan baris berbaris dan latihan militer
d. Perkembangn pesantren pasca kemerdekaan
Setelah merdeka dari penjajahan jepang dan belanda, para pemuka Negara memulihkan kembali mengembangkan pendidikan sesuai dengan kebudayaan Indonesia. Pondok pesantren mendapatkan kebebasan dan menghidupkan misinya untuk lebih eksis dan berbenah diri untuk meningkatkan daya saing.Â
Pemerintah Indonesia meminta pondok pesantren dengan menerapkan system madrasah.akantetapi di tolak karena para pemuka pesantren curiga karena madrasah merupakan sesuatu yang menyerupai hal yang diterapkan belanda dan jepang.Â
Pada tahun 1970-an , terjadi perubahan yang signifikan yaitu pesantren mengalami perkembangan yang menakjubkan disemua wilayah, pada penyelenggaran pendidikan  lebih sistematis.Â
Pada era ini, pesantren mulai memasukkan pelajaran formal agar menambah wawasan santri, ada juga yang memasukkan bahasa asing dalam kurikulum pesantren, memperbarui system klasikal dalam pengajarannya. Jadi, pesantren akan menghasilkan pendidikan yang unggul dan dibanggakan.
