Pihak islam mengeluarkan pernyataan bukti nyata bahwa pihak islamlah yang menerima serangan ialah yang pertama tama menjadi korban terbanyak. Ribuan pengungsi yang meninggalkan ambon adalah bukti lainnya, mereka adalah orang-orang islam.
Kedua belah pihak memberikan catatan yang terbatas mengenai kerusuhan. Pihak Kristen mendaftarkan penderitaan mereka, penyerangan, perusakan, pembakaran, sampai penghilangan nyawa dari sudut kerugian mereka. Mereka tidak atau kurang, membeberkan serangan mereka terhadap umat islam. Begitupun sebaliknya, pihak Islam mengeluarkan catatan serupa menurut versinya dan tidak, atau kurang, menyebutkan penyerangan mereka terhadap Kristen.
Kedua belah pihak mengklaim kerusuhan di wilayah tertetu ada oknum ABRI yang memihak. Kalangan Kristen menuduh ada oknum ABRI yang memihak islam pada waktu ada serangan bsar kampong-kampung islam ke Benteng Karang-Hila-Durian Patah- Hunut-Nania pada 20 januari. Untuk sampai ke ke Nania  isalnya, rombongan islam melalui dua kompleks militer. "Mengapa ABRI tidak melakukan pencegahan? " Tanya mereka.
Di Kariu umat islam menuduh oknum polisi berpihak pada orang Kristen. Kariu adalah kampong Kristen yang berada di tengah-tengah kampong atau desa Islam di pulau Haruku. Penulis mendatangi kampong ini. Dari masyarakat di peroleh dokumen RMS yang di temukan di tempat barang-barang yang disembunyikan oleh pemilik rumah di lubang perlindungan didalam tanah. Setelah dilakukan pengecekan, Pangdam Suaidi Marabessy, pemimpin tim khusus Abri (19 orang puta asli Ambon) mengakui dokumen tersebut asli. Dokumen berupa surat tugas kepada tiga orang ppenduduk Kariu oleh Presidium Sementara RMS di Ambon, dikeluarkan pada 14 November 1998. Tiga orang itu ditugasi minta dukungan, termasuk dukungan dana, ke berbagai kota terutama di Jawa.
Sementara itu MUI Maluku mengeluarkan catatan resmi terkait serangkaian peristiwa kerusuhan. Sayangnya laporan ini hanya terkait pristiwa apa?, siapa yg terlibat? Kapan terjadi?, dan di mana peristiwanya. Tidak ada perincian tentang mengapa peristiwa bisa terjadi dan bagaimana perstiwa berlangsung sehingga banyak peristiwa yang di catat tidak tuntas. Rangkaian peristiwa menurut catatan MUI Maluku diantaranya:
- Pada 16 Januari 1999, pelemparan rumah Imam Masjid Al-Mutaqim, Batu Merah Atas, oleh kalangan Kristen.
- Pada 19 Januari 1999, kerusuhan Dobo oleh kalangan Kristen, 14 orang tewas (10 orang Kristen dan 4 orang islam)
- 20 Januari 1999, sekelompok massa Kristen menyerang Masjid Al-Fatah melalui jalan A.Y. Patty dan A.M. sangaji.
- Reaksi desa-desa Islam di Kecamatan Lei Hitu, mendengar penyerangan masjid terbesar Al-Fatah, warga muslim desa Hitu, Mamala, dan Morela ingin membantu. Namun dalam perjalanan mereka mendapat perlawanan dari warga Dusun Benteng Karang, Desa Hunut, Nania, dan Negeri Lama.
- Penyerangan Waihaoang, Wailette, dan Kemiri, pristiwa ini berlangsung pada 20 januari 1999, warga Wihaong yang mayoritas muslim diserang dan dikepung oleh warga Talakedalam (Kristen) lalu terjadilah aksi saling serang.
- Penyerangan Desa Passo, Batu Gong, peristiwa tersebut terjadi pada 20 januari 1999, masjid Al-Muhajirin di Batu Gong Passo dan rumah warga muslim dibakar.
- Penyusupan ke Kompleks Masjid Al-Fatah, seorang penyusup hendak membakar masjid Al-Fatah.
- Penyerangan Ponegoro-Jalan Baru-Pardeis --Silale-Waihaong, pada 21 Januari 1999 perkampungan Islam di Ponegoro mulai diserang.
- Ikrar damai. Pada 22-23 januari 1999 diadakan pertemuan antara Menhankam/Pengab Jendral Wiranto, tokoh-tokoh agama, tokoh masyarakat, dan Musida. Kesepakatan damai dihasilkan.
- Rangkain pristiwa lainnya diantaranya pembantaisn di Mangga Dua-Gudang Arang, kerusuhn Kairatu, Desa Kumariang, kerusuhan Kariu pada kamis, 14 februari, ketegangan di Passo, Penyerangan terhadap Siri Sori Islam, pembakaran Benteng Atas, dan serangkaian provokasi-provakasi yang terjadi di Maluku Tenggara.
Data diatas merupakan data yang bersumber dari versi MUI Maluku. Data lainnya tentang tragedy ambon ini berasal dari Human Right Watch (HRW) menurut penulis, analisis HRW ini bersifat umum dan menunjukan ketidakberpihakannya. HRW berpendapat bahwa pecahnya kerusuhan Ambon yang bedarah itu dimulai pada 19 Januari yaitu konflik supir angkot dan pemalak. Sopir itu adalah orang Ambon Kristen bernama Jacob Leuhery atau Yopie, pemalaknya ialah dua orang bugis muslim, yaitu Usman dan Salim. HRW mewawancarai langsung Yopie. Dari konflik antara supir angkot dan pemalak inilah muncul berbagai tragedy lainnya di Kota Ambon. Kerusuhan lainnya diantaranya kerusuhan di Silale, Waihaong, dan Kuda Mati pada 19 Januari 1999, kerusuhan di Kmapung Pardeis pada 19 januari 1999, kerusuhan 2 hari yang meruntuhkan kampong Waringin, pembakaran pasar di Benteng Karang pada 20 januari 1999, kerusuhan Passo dan Nania pada 20-21 Januari 1999, Kerusuhan Hila dan serangan pada perkemahan bible pada 20 Januari 1999, Kekerasan di Hative Besar pada 20 Januari 1999, Terbunuhnya lima muslim di Mangga Dua, Ambon, tewasnya anggota Kostrad pada 23 Januari 1999, kerusuhan di Sram dan Saparua pada 3-5 Februari 1999, Pristiwa saat ABRI mulai menembak, Kariu diruntuhkan pada 13-14 Februari 1999, pristiwa di Saparua pada 23 Februari 1999, Kerusuhan Waai versus Tulehu dan Liang pada 23 Februari 1999. Pada 28 Februari diadakan persetujuan perdamaian yang ditandangani oleh para pemimpin agama. Namun pada 1 maret terjadi kerusuhan kembali saat ribuan orang Kristen menyerang tetangga muslim di Rinjani, Batu Merah.
KontraS (komisi yang menangani kasus orang hilang dan korban tindak kekerasan ) melalui Munir Said Thalib pada September 1999 menuntut agar dibentuk tim pencari fakta untuk kerusuhan Ambon. menurut catatan kontaS, korban jiwa sampai kerusuhan babak kedua di Ambon, jumlahnya 1.349 orang dan ratusan yang lain luka-luka. Sekitar 800 rumah dibakar habis, perkiraan 200 ruko habis dibakar. Kurang lebih 100 ribu warga Maluku meninggalkan tempat tinggalnya.Â
Berbagai kerusuhan di Ambon yang kian meluas ini sangat jelas karena begitu sensitivitasnya isu agama. Dari kerusuhan Ambon dan berbagai kerusuhan di Indonesia seharusnya dapat menjadi pelajaran bagi kita semua agar tidak mudah termakan isu agama, menahan amarah, mencari fakta terlebih dahulu sebelum bertindak, dan tidak gegabah agar kerukunan antar umat terjaga. Â
salah satu fungsi sejarah adalah agar pristiwa atau kejadian buruk di masa lalu dapat dijadikan pelajaran dan tidak menjadikan suatu pristiwa yang buruk menjadi suatu pola yang berulang. Menjadi pelajaran yang sangat baik untuk bangsa Indonesia agar tidak mudah di pecah belah oleh berbagai isu SARA. Menerapkan prinsip tenggang rasa dan sikap toleransi yang tinggi untuk menjaga kerukunan bangsa Indonesia.