Total korban tewas kerusuhan di Ketapang adalah 13 orang, mereka yang tewas merupakan orang yang berkaitan dengan tempat perjudian di Ketapang.
Beberapa tokoh yang merespon kejadian tersebut diantaranya
Wali Kota Jakarta Pusat, Andi Subur Abdullah " minggu dini hari, sekitar pukul 04.00 terjadi percekcokan antara tukang pukul tempat permainan bola tangkas "kino" dengan warga Ketapang"
Ketua umum PPP, H. Ismail Hasan Matareum menyatakan sangan prihatin dan menyesalkan terjadinya kerusuhan . dia meminta aparat keamanan mengusut tuntas kasus ini, serta menjadikan kasus ini sebagai pelajaran bagi semua pihak bahwa bangsa Indonesia itu bangsa yang majemuk
Selang 8 hari setelah kerusuhan di ketapang (Jakarta) meletuslah kerusuhan di Kupang, ibu kota provinsi Nusa Tenggara Timur. Meski bukti-bukti sulit di cari, kesan antar dua pristiwa ini ada hubungannya bisa saja di tangkap orang. Di Ketapang Masyarakat Islam marah karena Masjidnya di rusak oleh sekelompok orang beragama lain yang pekerjaannya adalah menjaga keamanan tempat judi, Selain ada korban jiwa, para karyawan tempat judi di Ketapang dan penjaga keamanannya, tempat judi, sekolah, dan gereja menjadi sasaran amuk. Di Kupang, orang-orang non-islam marah dan merusak masjid-masjid. Seorang mantan jendral di Kupang pada desember 1998 pernah berkata kurang lebih " jika mereka boleh merusak Gereja di Ketapang, kita di Kupang boleh merusak Masjid"
Uskup Agung Jakarta, Mgr. Julius Kardinal Darmaatmdja S.J. dan Uskup Agung Kupang, Mgr. Petrus Turang Pr., kepada wartawan di Jakarta menyatakan amat menyesalkan perusakan masjid dan rumah warga di Kupang. Kardinal meminta maaf atas kejadian tersebut . menurutnya "apapun alasannya perusakan rumah ibadah mengoyak rasa kemanusiaan dan tidak sejalan dengan ajaran Gereja" Kardinal meminta umat katolik bersatu, memberikan bantuan kepada penduduk muslim membangun kembali tempat ibadatnya.
Setelah kerusuhan di Kupang, pada hari raya Hari raya Idul Fitri 1419 H. meletuslah kerusuhan di Kota Ambon. Pada waktu kerusuhan meletus pada selasa, 19 Januari, 1999 banyak umat islam Maluku yang di Ambon sedang mudik ke kampungnya. Kurang lebih sebulan sebelumnya memang sudah terdengar akan ada kerusuhan di Ambon yang akan diletuskan sebelum idul fitri. Ternyata kerusuhan meletus pada hari idul fitri, hari yang di pilih perusuh cukup tepat karena umat islam sedang lengah juga dalam keadaan  bergembira karena hari raya kemenangan dan jumlah mereka di dalam kota Ambon sedang tidak banyak.
Beberapa tokoh yang berkomentar terkait masalah ini diantaranya :
Kapolda Maluku Kolonel Pol. Karyono kepada pers mengatakan " ini bukan lagi criminal murni, tetapi sudah sara". Akan tetapi pernyataan tersebut di tepis oleh Kapolri Letjen Pol. Roesmanhadi "ini masalah criminal, soal politis sedang di selidiki "
Ada sebuah isu yang berkembang bahwa kerusuhan ambon sudah di persiapkan. Satu versi tak resmi malah menyebut keterlibatan mantan pejabat penting di Ambon. Sebelumya Abdurrahman Wahid (Gusdur) mengisyaratkan tentang penggerak kerusuhan, ia mengungkapkan bahwa penggerak perusuhan Ambon ada di Ciganjur, Jakarta Selatan. Namun sehari kemudian ia memberikan pernyataan berbeda "dalangnya bukan di ciganjur". Isu yang berkembang ini membuat masyarakat menduga-duga siapa dalang dibalik kerusuhan ini, pernyataan pemerintah yang berubah-ubah membuat masyarakat bingung akan latar belakang pasti kerusuhan Ambon.
Kebingungan masyarakat bertambah saat keluarnya pernyataan yang berbeda antara dua kelompok  masyarakat yang bertikai. Pihak Kristen menuduh kalangan islam sudah bersiap lebih dulu. Pihak islam mengeluarkan pernyataan bahwa Islam di serang lebih dulu saat merayakan hari raya Idul Fitri, menurut pihak muslim tidak mungkin rasanya umat islam sendiri menodai hari kemenangannya dengan membuat kerusuhan yang memakan banyak korban jiwa.
