Melalui pengembangan kawasan agropolitan, diharapkan terjadi adanya interaksi yang kuat antara pusat kawasan agropolitan dengan wilayah produksi pertanian dalam sistem kawasan agropolitan.
Program agropolitan memiliki tujuan yang jelas dan terarah. Tujuan tersebut melewati tiga tahap yaitu tujuan tahap jangka pendek, tujuan tahap jangka menengah dan tujuan tahap jangka panjang. Pada tujuan tahap jangka pendek ini disusun dan digunakan oleh masing-masing kabupaten/kota sesuai dengan potensi dan permasalahan yang dihadapi.
Tujuan tahap jangka menengah yaitu dapat mengurangi kesenjangan ekonomi dan sosial antar wilayah serta kesenjangan antar desa dan kota. Tujuannya adalah agar lahan pekarangan yang dimanfaatkan dan diolah dengan baik akan menjadi peluang usaha bagi masyarakat. Sehingga tidak banyak masyarakat yang memilih melakukan urbanisasi ke kota untuk mencari pekerjaan.
Sedangkan tujuan tahap jangka panjang adalah untuk meningkatkan pendapatan dan kesejahteraan masyarakat melalui percepatan pengembangan wilayah dan peningkatan keterkaitan desa-kota dengan mendorong berkembangnya sistem dan usaha agribisnis yang berdaya saing berbasis kerakyatan, berkelanjutan dan terdesentralisasi.
Tujuannya tahap jangka panjang ini adalah untuk mengurangi atau menghilangkan kekurangan bahan pangan di beberapa tempat dan meningkatkan pendapatan dan tingkat kehidupan umum.
Tentunya dalam pengembangan kawasan agropolitan harus ada upaya pengelolaan agar program ini nantinya akan berjalan sesuai yang diharapakan. Berikut berbagai macam upaya pengelolaan yang dapat dilakukan pada kawasan agropolitan:
1. Pengembangan kegiatan agropolitan meliputi kawasan yang cukup luas dan memiliki sistem pelayanan yang berjenjang, sehingga dalam kawasan yang termasuk dalam pengembangan agropolitan juga dikembangkan sistem keterkaitan antara pusat maupun sub pusat serta wilayah pendukungnya.Â
Pengembangan struktur maupun sistem pelayanan kegiatan agropolitan harus dilakukan secara terintegrasi dengan pengembangan struktur ruang wilayah Kabupaten.
2. Pengembangan dan penataan ruang kawasan pusat agropolitan beserta kegiatannya dalam rangka menunjang kegiatan agropolitan harus dikembangkan secara optimal.
3. Pengembangan kawasan agropolitan setidaknya melibatkan pengembangan kegiatan pertanian secara luas, pengembangan agroindustri, dan agrobisnis serta membuka peluang pengembangan agrowisata.
4. Pengembangan dan penyediaan sarana dan prasarana penunjang kawasan agropolitan, diantaranya menyangkut tentang produksi, pemasaran, akses dan pengairan, dll.