Audit terhadap perusahaan multinasional tidaklah sederhana, maka diperlukan refleksi yang hati-hati mengenai pemahaman yang jelas tentang bagaimana bisnis diorganisir dalam kaitannya dengan realitas komersial dan ekonomi, dari operasi bisnis seperti perolehan pendapatan, keuntungan dan apa fungsi dari bisnis tersebut, oleh karena itu, prosedur pemeriksaan pajak yang dilakukan oleh otoritas pajak bersifat sangat kompleks karena memerlukan pengetahuan mendalam tentang perusahaan dan operasi yang dilakukan.
isu audit utama adalah untuk menguji apakah fakta yang dianalisis sesuai dengan substansi transaksi asli dan secara tepat, fungsi, aset, dan risiko yang terkait dengannya. Jika otoritas pajak menyoroti ketidakpatuhan terhadap prinsip kewajaran dan kelaziman usaha, maka otoritas pajak dapat melakukan modifikasi pada harga transfer perusahaan dalam negeri, dengan hasil yang terbatas untuk tujuan perpajakan.
Otoritas pajak biasanya memilih kasus untuk pemeriksaan TP berdasarkan identifikasi dan penilaian risiko yang efektif menggunakan metode analitik data berbasis sistem dalam mendeteksi dan memilih kasus tertentu dari wajib pajak yang berisiko lebih tinggi untuk pemeriksaan TP. Umumnya, hal-hal yang mendorong dilakukannya audit TP terdiri dari tingkat kepatuhan terhadap kewajiban TP, nilai transaksi pihak berelasi, entitas yang merugi atau penutupan bisnis, perdagangan dengan entitas di negara bebas pajak, atau terus-menerus melaporkan margin keuntungan yang rendah.
Terlepas dari peningkatan audit transfer pricing yang dilakukan oleh pemeriksa pajak, masih terdapat beberapa tantangan perlu ditangani yaitu karena adanya faktor:
A. Pemahaman berbeda tentang data pembanding yang dipilih dari database eksternal. Selain berbeda Pemahaman kedua belah pihak, waktu juga terbatas untuk berdiskusi intensif mengenai pemilihan data pembanding; mengapa dan sejauh mana masing-masing pihak mempunyai dasar yang mendasari untuk memilih data pembanding sebagai alat perbandingan.Â
Selain itu, database komersial internal tidak dapat digunakan sebagai solid data yang sebanding karena data tersebut dibuat tidak semata-mata untuk tujuan transfer pricing tetapi untuk tujuan lebih lanjut tujuan keuangan umum.
B. Pemeriksa pajak kewalahan dalam melakukan pemeriksaan, dan setiap pemeriksa harus melaporkan "temuan" tersebut pada waktu tertentu. Dalam situasi ini, pemeriksaan pajak terkesan bukan untuk menilai kepatuhan wajib pajak, namun untuk menemukan kepatuhan wajib pajak kesalahan wajib pajak atau sekedar untuk mencapai target penerimaan pajak. Oleh karena itu, laporan audit sesekali dibuat sembarangan.Â
Di sisi lain, setiap pemeriksa pajak juga memiliki tingkat pengetahuan, pengalaman, dan pengalaman yang berbeda-beda keahlian dalam transfer pricing. Hal ini menyebabkan rendahnya kualitas hasil audit. Untuk menghadapi tantangan-tantangan ini, pelatihan dan pembelajaran berkelanjutan, berbagi pengetahuan, dan memperbarui tren harga transfer internasional permasalahan tersebut sangat diperlukan.Â
Bagaimana tanggung jawab audit transfer pricing harus didistribusikan kepada setiap auditor perlu dilakukan review oleh unit masing-masing. DJP telah membentuk unit penjaminan mutu pemeriksaan, namun efektivitas dan netralitasnya Kinerja unit ini masih dipertanyakan oleh wajib pajak karena unit ini merupakan bagian internal DJP.
D. Faktanya, transfer pricing bukanlah ilmu pasti. Transfer pricing ini sifatnya sama seperti yang dimiliki oleh ilmu-ilmu non eksakta secara tidak langsung mempengaruhi bagaimana masing-masing pihak berperilaku dalam perlakuan transfer pricing untuk transaksi tertentu.
e. Tidak adanya pedoman teknis tertentu untuk pemilihan data pembanding tampaknya menjadi sumber perselisihan yang terus berlanjut.
