Oleh karena itu peran dan kekhasan suatu pesantren tersebut, maka negara turut hadir dengan menetapkan suatu Undang-Undang No. 18 Tahun 2019 tentang Pesantren. Undang-undang ini bertujuan supaya negara memberikan suatu rekognisi berupa pengakuan kesetaraan kepada lulusan pesantren, lalu diafirmasikan dengan kebijakan serta ruang kelonggaran, kemudian difasilitasi dengan tetap mempertahankan keunikan dan kemandiriannya.
Perlu ditegaskan bahwa Undang-Undang Pesantren tidak berniat mengintervensi sebuah pesanten, justru turunan kebijakannya yang memiliki semangat untuk melindungi kekhasan dan kemandirian dalam suatu pesantren. Termasuk juga menghilangkan hambatan dan cita-cita mulia pesantren.
Di antara kekhasan pada pesantren yaitu metode pembelajaran sorogan di mana seorang santri satu per satu belajar secara langsung berhadapan dengan gurunya. Lalu ada juga metode halaqah, kemudian bahsul masail yang berisi tentang masalah di masyarakat berdasarkan metodologi dalam kitab kuning. Â Ada pula metode yang khas seperti demontrasi, hafalan,ijazah, mudzakarah (pertukaran ilmu dengan ikrar khusus), dan yang lain sebagainya.
Ada saat ini, level pesantren sudah berkembang setingkat perguruan tinggi dalam bentuk institusi yang bernama Ma'had Aly. Â Awalnya santri lulusan Ma'had Aly terpandang memiliki kualitas ilmu keagamaan yang sangat mendalam, namun belum ada pengakuan dari pemerintah negara. Kini, negara sudah mengakui bahwa lulusan Ma'had Aly secara aspek legal formalnya, sehingga ijazahnya setara dengan S1 pada umumnya.
Keunikan dari Pola Pendidikan PesantrenÂ
Ada beragam motif dari orang tua memilih pesantren sebagai tempat untuk pendidikan anak. Misalnya, ada orang tua yang sengaja untuk memondokkan anaknya ke pesantren yang sederhana tanpa memikirkan sebuah kualitas gedung dan fasilitasnya, melainkan untuk menitipkan anaknya kepada seorang kiai dengan kekuatan sanad keilmuan yang sangat kuat dan sangat mendalam pastinya. Terkadang dari sebagian orang tua memondokkan anaknya supaya belajar hidup yang sederhana, memahami arti sebuah kehidupan, rela berbagi dan mau bekerjasama dengan orang lain.
Hal yang paling penting dari sebuah pesantren yaitu guru atau kiai. Maka, sebelum memondokkan anak, orang tua wajib mengetahui dan menelusuri sanad keilmuan pimpinan pesantren tersebut. Apalagi pada saat ini muncul fenomena seseorang yang mengaku sebagai kiai, sehingga dengan mudah nya seseorang itu mendirikan pesantren.
Pendidikan adalah sebuah
 investasi dalam jangka panjang. Sehingga kalau berbicara tentang mendidik anak itu memang harus diperhatikan lembaganya. Maka, pesantren merupakan sebuah tempat paling aman dan nyaman. Alasan utama bagi orang tua yang memondokkan anaknya tidak lain untuk mendapatkan jaminan yang lebih baik dari segi pemahaman agama dan yang didukung dengan sebuah ilmu pengetahuan, sains dan teknologi yang juga kini sudah diajarkan di berbagai pesantren.
Sistem pendidikan di Pondok Pesantren itu adalah suatu sistem pendidikan yang sangat luas, sebelum lahirnya NKRI. Pesantren juga sangat berperan besar dalam memerdekakan suatu bangsa Indonesia dari tangan para penjajah
Pondok Pesantren harus tetal aktif bagaimanapun keadaannya dan apapun yang terjadi nanti di negara Indonesia ini, baik dari gejolak ekonomi maupun dari gejolak politik pesantren tetap harua aktif dalam hal belajar
