Ada sedikit sejarah kelam mengenai lorong bawah tanah bangunan. Pada masa penjajahan Jepang, lorong ini digunakan sebagai penjara jongkok dan penjara berdiri baik pribumi maupun Belanda ketika Jepang berhasil menduduki Lawang Sewu. Selain itu di lantai 3 gedung A adalah merupakan bekas tempat penjagalan massal oleh kempetai (polisi rahasia Jepang) terhadap orang-orang Belanda pada saat Jepang mulai masuk ke kota Semarang.
[caption caption="foto"]
Memasuki ruangan-ruangan megah di dalam lawang sewu akan disuguhi berbagai macam sejarah mengenai perkeretaapian. Mulai dari miniatur lawang sewu, miniatur lokomotif dan foto para direktur NISM dapat dijumpai di berbagai ruangan.Â
Tangga besi dengan bentuk mengular menuju lantai 3 sangat klasik, bangunan ini dirancang dengan sangat detail dan indah. Selain tangga, kita juga akan menemukan wastafel asli buatan Belanda yang umurnya sama dengan lawang sewu.
Sementara untuk wc diletakkan jauh di belakang dengan pertimbangan kesehatan. Hingga saat ini kamar mandi dan wc tidak bisa dimasuki oleh wisatwan dengan berbagai pertimbangan. Wc juga dekat dengan sungai kecil yang mengelilingi lawang sewu.Â
Sungai ini tidak bisa dipisahkan dengan sejarah kelam Lawang Sewu. Banyak jasad-jasad orang Belanda maupun pejuang kita yang dibuang di sungai ini ketika pendudukan Jepang. Penggalan kepala dan mayat mayat, serta aliran air dari penjara jongkok atau berdiri akan membawa mayat-mayat tahanan menuju sungai ini.
Ada juga gedung C dibagian agak tengah dekat miniatur kereta uap yang menyimpan barang-barang Lawang Sewu. Disana ada perbandingan genteng asli dan replika, serta foto Lawang Sewu dari masa ke masa. Foto dipasang di dinding-dinging gedung menceritakan bagaimana proses pembangunan Lawang Sewu hingga pemugaran yang dilakukan oleh PT KAI.Â
Ada perbandingan daun pintu Lawang Sewu yang asli dengan replika. Gedung C ini dahulunya adalah tempat pencetakan tiket dan jadwal kereta api semasa NISM, tetapi sempat digunakan sebagai gedung pengelolaan program proyek pembangunan gedung A (utama).
Lawang sewu juga merupakan saksi bisu pertempuran 5 hari di Semarang. Pertempuran 5 hari ini terjadi pada tanggal 15 Oktober-19 Oktober 1945 sebagai pertempuran mempertahankan kemerdekaan RI melawan tentara Jepang.Â
Melihat banyak sekali sejarah yang ada di Lawang Sewu maka pemerintah kota Semarang melalui surat keputusan walikota nomor 650/50/1992 memasukkan Lawang Sewu sebagai bangunan bersejarah yang patut dilindungi. Hingga akhirnya saat ini pengelolaannya dibawah unit heritage PT KAI sejak unit ini dibentuk oleh Bapak Ignasius Jonan yang saat itu menjabat  Dirut KAI.Â