Saat itu, keluarganya memilih bergabung dengan Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI). Pada waktu yang bersamaan, Benny menjalani masa paling sulit dihidupnya. Ia harus bertahan hidup selama 20 tahun dengan kakinya yang sedang terluka tanpa seorang pun yang membantu merawatnya.
Oleh karena rasa sakit itu, Benny berusaha melawan pilihan orang-orang dekatnya. Ia memimpin gerakan referendum dari rakyat Papua yang menuntut pembebasan dari NKRI kembali bergelora.
Saat itu, Benny menjabat sebagai Sekretaris Jenderal Demmak (Dewan Musyawarah Masyarakat Koteka) dengan gol melindungi nilai dan kepercayaan masyarakat Dataran Tinggi Timur dan mendukung negosiasi Presidium Dewan Papua (PDP) untuk menyalurkan apa yang mereka anggap aspirasi warga Papua kepada Indonesia.
Sebagai Sekjen Demmak, Benny menyuarakan kemerdekaan Papua, menolak otonomi khusus, menolak kompromi dengan pemerintah Indonesia, namun mendukung PDP.
Lobi-lobi terus dilakukan hingga masa pemerintahan Presiden Megawati. Saat itu, pemberlakuan otonomi khusus adalah pilihan politik yang layak untuk Papua dan tak ada yang lain.
Keputusan ini menuai konflik. Sekitar tahun 2001, ketegangan kembali terjadi di tanah Papua. Operasi militer menyebabkan ketua Presidium Dewan Papua meninggal dunia.
Hal ini membuat Benny terus berjuang demi mewujudkan Papua Barat merdeka. Kemudian ia ditangkap dan dipenjarakan pada 6 Juni 2002 di Jayapura.
Benny dianggap mengorganisasi massa menyerang kantor polisi dan membakar toko di Abepura dua tahun sebelumnya sehingga ia terancam hukuman 25 tahun penjara.
Akan tetapi, Benny mengaku bahwa hal tersebut hanya tuduhan kepada dirinya. Bahkan menurutnya, ia dituduh banyak kasus sehingga disiksa secara habis-habisan di dalam penjara.
Oleh karena itu, sebelum keputusan untuk dirinya dipenjarakan selama 25 tahun, Benny dibantu aktivis lainnya untuk kabur dan mengungsi di Papua Nugini.
Rupanya, dibalik perjuangannya, ada Inggris yang berkepentingan. Atas campur tangan sebuah LSM Eropa, dia dibawa kabur ke Inggris bersama istri dan anak-anaknya.
