Selanjutnya keputusan pemerintah yang turut menuai kontroversi adalah Keputusan Presiden No. 6 Tahun 1999, yang mengizinkan penggunaan kekuatan militer di provinsi Aceh dan Papua. Keputusan tersebut dilihat oleh banyak orang sebagai upaya untuk menekan gerakan separatis di wilayah tersebut, dan menyebabkan peningkatan yang signifikan dalam kekerasan dan pelanggaran hak asasi manusia. Â Peraturan kontroversial lainnya yang diperkenalkan oleh Habibie adalah Undang-Undang Otonomi Daerah tahun 1999, yang memberikan otonomi politik dan fiskal yang lebih besar kepada daerah-daerah di Indonesia. Meskipun undang-undang tersebut dimaksudkan untuk mempromosikan desentralisasi dan meningkatkan tata kelola, undang-undang tersebut juga menimbulkan kekhawatiran tentang peningkatan korupsi dan ketidaksetaraan.
Keputusan Presiden No. 7 Tahun 1999 juga turut menjadi kebijakan kontroversial pada masa ini, yang memberikan grasi kepada anggota Partai Komunis Indonesia yang telah dipenjara atau diasingkan sejak tahun 1960-an. Keputusan tersebut mendapat tentangan keras dari kelompok konservatif, yang melihatnya sebagai upaya untuk menghidupkan kembali komunisme di Indonesia.
Habibie juga mengeluarkan beberapa peraturan yang bertujuan untuk mendorong pembangunan ekonomi, namun dipandang oleh sebagian orang lebih menguntungkan investor asing daripada bisnis Indonesia. Salah satu peraturan tersebut adalah Keputusan Presiden No. 66/1999, yang melonggarkan pembatasan kepemilikan asing atas bank-bank Indonesia. Kritikus berpendapat bahwa ini akan menyebabkan hilangnya kendali atas sektor keuangan negara.
Terlepas dari kontroversi ini, kepresidenan Habibie dipandang oleh banyak orang sebagai periode reformasi politik dan demokratisasi. Dia mengawasi penyusunan konstitusi baru dan penyelenggaraan pemilu demokratis pertama di Indonesia dalam lebih dari 40 tahun.
Warisan Habibie tetap menjadi bahan perdebatan di Indonesia, dengan beberapa memuji upayanya untuk mempromosikan demokrasi dan pembangunan ekonomi, sementara yang lain mengkritik kecenderungan otoriter dan kebijakannya yang kontroversial. Namun, masa kepresidenannya merupakan titik balik penting dalam sejarah Indonesia, membuka jalan bagi keterbukaan politik dan partisipasi demokratis yang lebih besar.
- Masa Keperesidenan Gus Dur
Abdurrahman Wahid, yang juga dikenal sebagai Gus Dur adalah presiden keempat Indonesia dan menjabat dari tahun 1999 hingga 2001. Pemerintahannya ditandai dengan sejumlah peraturan kontroversial, beberapa di antaranya ditujukan untuk mempromosikan toleransi beragama dan hak asasi manusia, sementara yang lain dikritik. karena tidak efektif atau melanggar hak konstitusional.
 Peraturan kontroversial yang dikeluarkan masa pemerintahan Gus Dur adalah Keputusan Presiden No. 3 Tahun 2000, yang memberikan amnesti kepada anggota kelompok separatis di Aceh dan Papua. Sementara dekrit tersebut dimaksudkan untuk mempromosikan perdamaian dan rekonsiliasi, keputusan tersebut mendapat tentangan dari para pemimpin militer dan kelompok konservatif, yang melihatnya sebagai ancaman terhadap integritas teritorial Indonesia.
Gus Dur juga mengeluarkan sejumlah peraturan yang bertujuan untuk mempromosikan toleransi beragama dan kebebasan berekspresi, termasuk keputusan yang memungkinkan pembentukan sekte agama baru dan undang-undang yang memberikan otonomi yang lebih besar kepada pemerintah daerah dalam urusan agama. Namun, peraturan ini dikritik oleh beberapa pemuka agama dan kelompok konservatif, yang melihatnya sebagai ancaman terhadap nilai-nilai tradisional dan kohesi sosial Indonesia.
Pada masa kepresidenan Gus Dur, salah satu perubahan kebijakan yang signifikan dan kontroversial adalah pencabutan Instruksi Presiden Nomor 14 Tahun 1967. Instruksi yang telah berlaku selama lebih dari tiga dekade ini melarang pegawai negeri untuk berpartisipasi dalam kegiatan politik.
Pencabutan instruksi ini dipandang sebagai langkah besar menuju kebebasan politik dan demokrasi yang lebih besar di Indonesia. Itu juga dilihat sebagai pengakuan atas peran penting yang dimainkan masyarakat sipil dalam membentuk lanskap politik negara.
Namun, pencabutan Inpres Nomor 14 itu bukannya tanpa kontroversi. Beberapa kritikus berpendapat bahwa hal itu akan mengarah pada politisasi pegawai negeri Indonesia dan merusak ketidakberpihakan lembaga pemerintah.
