Adapun di wilayah perairan, isu agraria terkait dengan pola produksi perikanan yang merusak, pencemaran, dan hak-hak pengelolaan pesisir oleh nelayan. Pola produksi perikanan yang merusak memang sering dilakukan nelayan.Â
Pencemaran akibat aktivitas non-perikanan yang dilakukan baik di darat maupun air namun berpengaruh terhadap pencemaran air. Masyarakat seringkali kurang diuntungkan oleh sejumlah produk perundangan yang hingga saat ini belum mengakomodasi kepentingan masyarakat dalam akses dan kontrol terhadap sumberdaya pesisir.
Kelima,isu geopolitik. Desa pesisir merupakan wilayah daratan terdepan yang berhadapan dengan wilayah perbatasan. Oleh karena itu desa pesisir rentan terhadap gangguan keamanan, baik secara politik maupun ekonomi.Â
Secara politik, desa pesisir, khususnya di pulau kecil perbatasan, sangat rentan terhadap masuknya pengaruh asing yang dapat mempengaruhi nasionalisme. Kasus di Miangas, menggambarkan pengaruh budaya dan spirit kebangsaan Filipina sudah mulai terjadi. Secara ekonomi, gangguan terlihat dalam berbagai aktivitas ilegal baik dalam pertambangan, perikanan, maupun perdagangan.Â
Tantangan Desa Pesisir kedepan
Setelah mencermati sejumlah isu kritis di atas, maka visi desa pesisir kedepan dapat diformulasikan dalam bingkai kemandirian desa dalam memenuhi kebutuhan dasarnya, seperti pangan, energi, kesehatan, dan pendidikan. Konsep kemandirian tersebut tidaklah berarti desa pesisir terlepas kesaling-tergantungannya dengan desa atau wilayah lain. Konsep kemandirian tersebut mengacu pada konsep "net-benefit" yang dihasilkan dari pertukaran dengan daerah lain. Hal ini sekaligus untuk mengatasi problem surplus transfer dari desa ke kota yang selama ini terjadi.
Konsep kemandirian tersebut selanjutnya dapat menjadi spirit dalam pembangunan berkelanjutan. Charles (2001) menekankan aspek-aspek keberlanjutan, yang mencakup: (a) keberlanjutan ekologis (ecological sustainability), (b) keberlanjutan sosial ekonomi (socioeconomic sustainability), (c) keberlanjutan komunitas (community sustainability), dan (d) keberlanjutan institusi (institutional sustainability). Meski kerangka Charles tersebut sebenarnya untuk konteks perikanan, namun prinsip-prinsip pokoknya bisa dipinjam untuk desain pembangunan desa pesisir.
Keberlanjutan ekologis terwujud dari praktek perikanan yang tidak merusak lingkungan dan pemanfaatan sumberdaya pesisir yang tidak melebihi daya dukung lingkungan. Keyword yang tepat adalah adanya kebijakan pengelolaan sumberdaya pesisir untuk menjamin keberlanjutan ekologis tersebut. Tentu, disini juga mencakup pengendalian pencemaran baik yang disebabkan limbah domestik maupun limbah industri. Karena itulah membangun desa pesisir tidak bisa berdiri sendiri karena persoalan lingkungan disebabkan juga oleh pihak supra-desa. Keberlanjutan sosial ekonomi mengacu pada tercapainya kesejahteraan sosial ekonomi masyarakat pesisir. Keberlanjutan komunitas mengacu pada stabilitas sistem sosial, terjaminnya peran masyarakat dalam pembangunan, dan akses masyarakat pada sumberdaya baik untuk kepentingan pemanfaatan maupun pengelolaan.
Disisi lain keberlanjutan institusi merupakan prasyarat bagi tercapainya tiga dimensi keberlanjutan pengelolaan desa pesisir. Keberlanjutan institusi mencakup institusi politik (kapabilitas birokrasi desa), institusi sosial-ekonomi (seperti institusi keuangan desa, pasar), dan institusi sumberdaya (institusi pengelola sumberdaya). Dalam konteks pembangunan desa pesisir yang lebih spesifik dapat tercermin dari sejauh mana aturan-aturan pengelolaan sumberdaya pesisir ditegakkan dan sejauh mana kapasitas organisasi pengelola sumberdaya diperkuat.
Dengan berpedoman pada beberapa hal di atas, maka karakteristik desa pesisir kedepan adalah memiliki ke khasan sebagai berikut (Kusumastanto,2006):
mandiri dalam memenuhi kebutuhan dasar: pangan, kesehatan, pendidikan, air bersih dan energi