Organisasi dalam hal ini adalah organisasi dalam arti yang luas, termasuk sistem pengorganisasian lingkungan masyarakat. Organisasi yang menjadi korban korupsi atau dimana korupsi terjadi biasanya memberi andil terjadinya korupsi karena membuka peluang atau kesempatan untuk terjadinya korupsi. Diantara penyebabnya adalah:
a. Kurang Adanya Teladan Dari Pemimpin
Dalam organisasi, pimpinannya baik yang formal maupun yang tidak formal (sesepuhnya) akan menjadi panutan dari setiap anggota atau orang yang berafiliasi pada organisasi tersebut. Apabila pimpinannya mencontohkan gaya hidup yang bersih dengan tingkat kehidupan ekonomi yang wajar, maka anggota-anggota organisasi tersebut akan cenderung untuk bergaya hidup yang sama.
b. Tidak Adanya Kultur Organisasi Yang Benar
Kultur atau budaya organisasi biasanya akan mempunyai pengaruh yang sangat kuat kepada anggota-anggota organisasi tersebut terutama pada kebiasaannya, cara pandangnya, dan sikap dalam menghadapi suatu keadaan. Kebiasaan tersebut akan menular ke anggota lain dan kemudian perbuatan tersebut akan dianggap sebagai kultur di lingkungan yang bersangkutan. Misalnya, di suatu bagian dari suatu organisasi akan dapat muncul budaya uang pelicin, “amplop”, hadiah, dan lain-lain yang mengarah ke akibat yang tidak baik bagi organisasi.
c. Sistem Akuntabilitas di Instansi Pemerintah Kurang Memadai
Pada organisasi dimana setiap unit organisasinya mempunyai sasaran yang telah ditetapkan untuk dicapai yang kemudian setiap penggunaan sumber dayanya selalu dikaitkan dengan sasaran yang harus dicapai tersebut, maka setiap unsur kuantitas dan kualitas sumber daya yang tersedia akan selalu dimonitor dengan baik. Pada instansi pemerintah, pada umumnya instansi belum merumuskan dengan jelas visi dan misi yang diembannya dan juga belum merumuskan dengan tepat tujuan dan sasaran yang harus dicapai dalam periode tertentu guna mencapai misi tersebut. Demikian pula dalam memonitor prestasi kerja unit-unit organisasinya, pada umumnya hanya melihat tingkat penggunaan sumber daya (input factor), tanpa melihat tingkat pencapaian sasaran yang seharusnya dirumuskan dengan tepat dan seharusnya dicapai (faktor out-put). Akibatnya, terhadap instansi pemerintah sulit dilakukan penilaian apakah instansi tersebut berhasil mencapai sasarannya atau tidak. Keadaan ini memunculkan situasi
organisasi yang kondusif untuk terjadi korupsi.
d. Kelemahan Sistem Pengendalian Manajemen
Pada organisasi di mana pengendalian manajemennya lemah akan lebih banyak pegawai yang melakukan korupsi dibandingkan pada organisasi yang pengendalian manajemennya kuat. Seorang pegawai yang mengetahui bahwa sistem pengendalian manajemen pada organisasi di mana dia bekerja lemah, maka akan timbul kesempatan atau peluang baginya untuk melakukan korupsi.
e. Manajemen Cenderung Menutupi Korupsi Di Dalam Organisasinya
Pada umumnya jajaran manajemen organisasi di mana terjadi korupsi enggan membantu mengungkapkan korupsi tersebut walaupun korupsi tersebut sama sekali tidak melibatkan dirinya. Kemungkinan keengganan tersebut timbul karena terungkapnya praktek korupsi di dalam organisasinya. Akibatnya, jajaran manajemen cenderung untuk menutup-nutupi korupsi yang ada, dan berusaha menyelesaikannya dengan cara-cara sendiri yang kemudian dapat menimbulkan praktek korupsi yang lain.
