Namun,banyak hal yang menjadi catatan terkait proses pembuktian selama persidangan kasus Setya Novanto berlangsung. Terkait hal ini, Ada tiga bagian, yaitu terkait keabsahan cara perolehan alat bukti(admissibility),minimal alat bukti,dan keabsahan alat bukti
Dalam putusan pun Setya Novanto dinyatakan terbukti melanggar ketentuan Pasal 3 UU Tipikor  tersebut.  Tetapi,  menurut  Topo, majelis hakim seharusnya mampu membedakan kewenangan Setya Novanto selaku Ketua Fraksi Partai Golkar dengan kewenangannya sebagai Ketua Umum Partai Golkar.Â
Topo setuju jika Setya Novanto dianggap  menyalahgunakan kewenangannya sebagai ketua fraksi, bukan sebagai ketua umum Golkar. Namun  sayangnya  putusan  ini  mencampur adukkan  antara  kedua kewenangan itu."Sebenarnya jauh lebih tepat jika Setya Novanto dianggap memperdagangkan pengaruh (tradingininfluence), namun sayangnya kita belum memasukkan itu kedalam UU Tipikor. Â
Â
Â
Studi Kasus: Kasus Setya Novanto
Mantan Ketua DPR RI ini terlibat dalam kasus korupsi proyek e-KTP.- Actus Reus: Penyalahgunaan wewenang untuk mengarahkan proyek demi keuntungan pribadi.
- Mens Rea: Bukti percakapan dan dokumen menunjukkan kesengajaan Setya dalam merancang skema korupsi untuk memperoleh suap besar.
Dengan membuktikan kedua elemen ini, pengadilan dapat menetapkan vonis secara sah dan adil.
Disidang perdana pokok perkara Setya Novanto didakwa memperkaya  diri  dengan menerima aliran dana e-KTP sebesar US$7,3 juta. Namun dalam sidang perkara itu Setya Novanto mengaku sakit diare. Pada sidang eksepsi kuasa hukum Setya Novanto menilai dakwaan jaksa tidak cermat  terkait  jumlah  kerugian  negara  dan  hilangnya  sejumlah nama  penerima  korupsi  e-KTP.Â
Namun Majelis Hakim menolak eksepsi Setya Novanto dan menilai materi dakwaan jaksa terhadap Setya  Novantotelah  memenuhi  syarat  formil  dan  materil.  Pada  tanggal  25  Januari  2018jaksamenggelarsidangdenganagendapemeriksaansaksi.