Semua permasalahan itu menimbulkan dampak terutama pada menurunnya jasa ekosistem Sungai Karang Mumus. Salah satu layanan jasa ekosistem Sungai Karang Mumus yang masih dinikmati langsung saat ini adalah sebagai sumber air bersih, baik langsung maupun tak langsung.
Air Sungai Karang Mumus saat ini menjadi sumber pemenuhan kebutuhan air warga untuk keperluan pertanian, rumah tangga maupun industry (usaha). Namun layanan jasa ekologis ini bermasalah dari sisi kualitas, kuantitas maupun kontinuitas.
Untuk kebutuhan air pertanian atau peternakan mungkin tidak terlalu bermasalah kecuali dari sisi kuantittas dan kontinuitas, namun untuk keperluan domestik atau usaha jelas bermasalah dari sisi kelayakan air.
Masih banyak warga yang memanfaatkan air sungai secara langsung untuk keperluan domestic (MCK) dan usaha. Padahal air Sungai Karang Mumus dalam bebeberapa tahun terakhir selalu berstatus tercemar berat. Sementara untuk kebutuhan air tidak langsung, atau air bersih yang didistribusi oleh PDAM.
Kualitas air Sungai Karang Mumus akan menimbulkan persoalan dalam produksi air bersih. Selain butuh tahapan yang lebih panjang, biaya yang lebih besar bisa jadi suatu saat produksi tidak bisa dilakukan karena air Sungai Karang Mumus tidak layak sebagai bahan baku.
Meski PDAM menyebut bahwa Sungai Karang Mumus hanya untuk memenuhi kebutuhan 5% pelanggan air PDAM, namun ini bukan soal jumlah. Sebab ketergantungan warga pada air bersih dari PDAM sangat tinggi, karena Kota Samarinda tidak mempunyai cukup sumber atau mata air yang besar untuk memenuhi kebutuhan air warganya.
Jika dibuat ibarat maka Sungai Karang Mumus adalah sungai yang dikhianati oleh mereka mereka yang dihidupi olehnya. Orang yang sama mengambil sekaligus mengotori airnya. Sungai yang airnya merupakan kebutuhan vital tidak dijaga dan tak dirawat oleh mereka yang membutuhkannya.
Pemerintah Kota sejak tahun 90-an berusaha memperbaiki kondisi Sungai Karang Mumus.
Sungai ini masuk dalam Prokasih (program kali bersih) angkatan ke 2. Pemerintah Kota melakukan proyek normalisasi sungai dengan  cara merelokasi warga di bantaran Sungai Karang Mumus.
Proyek ini berhasil memindahkan penduduk dari muara hingga Jembatan Kehewanan. Dimana kanan kiri sungai kemudian diturap, setelah turap dibangun ruang terbuka hijau dan setelah ruang terbuka hijau ada jalan yang menjadi batas antara area sungai dengan permukiman.
Rencana awal proyek relokasi warga bantaran ini akan mencapai kawasan Jembatan S Parman, namun hingga sekarang tidak terealisasi akibat berbagai persoalan. Dan kini tidak akan bisa diteruskan dalam skema awal yaitu memberi ganti rugi, dalam bentuk tanah dan bangunan selain karena kemampuan pendanaan yang minim juga karena ketiadaan payung hukumnya. Dan hingga saat ini belum muncul rencana yang komprehensif terkait dengan Sungai Karang Mumus. Rencana pemerintah kota terkait dengan Sungai Karang Mumus lebih terkait dengan urusan banjir dan perwajahan kota.
