Pelanggaran terhadap asas kebebasan berserikat dan berkumpul; Asas kebebasan dari rasa takut; Asas kebebasan dari pelaku keji dan tidak manusiawi; serta Pelanggaran atas perlindungan jiwa dan harta benda.
Berbagai fakta terbenam seperti kesimpangsiuran jumlah pasti korban selama aksi berlangsung, dan teror yang dialami oleh tim penyelidik dalam melaksanakan perintah presiden Gus Dur untuk melakukan investigasi ulang.Â
Selain itu, terdapat dugaan kontribusi militer selama aksi yang memicu terjadinya bentrok terbuka antara aparat dengan warga sipil, serta pengawalan ketat terhadap kamar mayat dan armada yang digunakan untuk mengantarkan jenazah ke pemakaman.
 Dugaan rekayasa politik semakin menguat seiring dengan tuduhan makar yang dilayangkan oleh pihak ABRI dan TNI terhadap aksi mimbar bebas yang digelar oleh kubu Megawati serta tuduhan bahwa aksi memanas berkat peran langsung tokoh PKI selama berlangsungnya aksi, tuduhan ini dibantah oleh Megawati.Â
Hingga saat ini keteguhan Megawati dalam mempertahankan kasus ini semakin memudar karena tabrakan kepentingan Megawati dalam mempertahankan kontestasi politiknya bersamaan dengan pemastian resistensi militer untuk mendukung posisinya dalam percaturan politik. Sebaliknya, terdapat dugaan kontribusi petinggi militer terlibat dalam kasus pelanggaran HAM besar yang terjadi 25 tahun silam.Â
Terlepas dari itu, upaya penegakan hukum harus tetap diupayakan sebagai wujud akuntabilitas pemerintahan dalam mengadili kejahatan HAM. Hingga saat ini perkembangan kasus belum optimal seolah membenarkan pelanggaran yang telah terjadi. Beberapa hal yang menjadi pertimbangan dalam upaya penuntasan kasus ini seperti:Â
Kasus telah dianggap kadaluarsa karena telah melewati masa 18 tahun sejak terjadinya peristiwa, dan banyak dari tersangka yang telah meninggal dunia.Â
Meskipun demikian, Sekjen PDIP mendesak Komnas HAM untuk dapat mengkaji ulang perihal insiden ini untuk dapat segera mencapai titik terang intelektual Kudatuli yang turut andil dibalik peristiwa ini.
