Sedangkan pemeriksaan kantor dilakukan dalam kurun waktu paling lama yaitu 3 (tiga) bulan dan dapat dilakukan perpanjangan menjadi dalam jangka waktu 6 (enam) bulan yang terhitung sejak tanggal Wajib Pajak yang diperiksa datang memenuhi undangan surat panggilan dalam rangka Pemeriksaan Kantor sampai dengan tanggal diterbitkannya Laporan Hasil Pemeriksaan (LHP).
Berikut ini adalah beberapa hak-hak bagi wajib pajak yang dalam pemeriksaan antara lain:
1. Hak untuk meminta Surat Perintah Pemeriksaan;
2. Hak untuk melihat Tanda Pengenal Pemeriksa;
3. Hak untuk mendapatkan penjelasan tentang maksud dan tujuan pemeriksaan;
4. Hak untuk meminta rincian terkait perbedaan antara hasil pemeriksaan dengan hasil pada SPT;
5. Hak untuk hadir dalam pembahasan akhir hasil pemeriksaan dalam kurun waktu yang ditentukan.
Berdasarkan atas hasil pemeriksaan yang dilakukan oleh Direktorat Jenderal Pajak, selanjutnya akan diterbitkan suatu surat ketetapan pajak, yang dapat mengakibatkan pajak yang terutang apakah menjadi nihil, kurang bayar atau lebih bayar. Berdasarkan dari pemeriksaan, terdapat jenis-jenis ketetapan yang diterbitkan oleh Direktorat Jenderal Pajak antara lain sebagai berikut:
1. Penerbitan Surat Ketetapan Pajak Lebih Bayar atau bisa disingkat sebagai-SKPLB;
2. Penerbitan Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar atau bisa disingkat sebagai-SKPKB;
3. Penerbitan Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar Tambahan atau bisa disingkat sebagai-SKPKPT; dan
