Hingga usai Muktamar ke VII, sesuai dengan  komitmen JK, telah dicanangkan peletakan batu pertama dan dimulainya pembangunan Gedung DMI  di Jalan Matraman Raya No. 39/40 seluas lebih kurang 1000 Meter persegi. Cita dan harapan umat Islam, terutama para pecinta masjid di Indonesia terwujud atas prakarsa dan jasa Wakil Presiden Jusuf Kalla yang juga Ketua Umum PP DMI.
Secara kelembagaan, berdasarkan hasil Muktamar VI DMI, Pimpinan Pusat DMI yang dipimpin JK Â memiliki 8 (delapan) bidang kerja, yaitu : Organisasi dan Pengembangan SD, Sarana, Hukum dan Wakaf, Dakwah dan Pengkajian, Kesehatan, Lingkungan Hidup, dan Kepemudaan, Pengembangan Ekonomi Umat dan Iptek, Pengembangan Potensi Muslimah dan Anak, Sosial Kemanusiaan dan bidang Kominfo, Hubungan Antar Lembaga dan Kerjasama Luar Negeri.
JK memfokuskan perhatian dan kinerjanya sebagai Wakil Presiden bersama Presiden RI dan pemerintahan untuk menjalankan amanah secara optimal. Untuk tetap menjaga fokus, arah dan capaian sukses kepemimpinan nasional, sementara roda organisasi DMI Â pun tetap berjalan baik, JK menunjuk Ketua Harian dan sekaligus dua wakil ketua umum, yang bersifat fungsional ke dalam dan keluar.Â
Posisi Wakil Ketua Umum sekaligus menjadi Ketua harian dipercayakan kepada Komisaris Jenderal H. Syafruddin, M.Si  bersama wakil ketua umum bidang keagamaan dijabat oleh Bapak KH Masdar Farid Mas'udi.
Untuk menunjang kelancaran kerja dan kinerja organisasi DMI, JK melengkapi struktur dengan adanya Tim Komunikasi dan Koordinasi di lingkungan sekretariat kantor wakil presiden dengan tim sekretariat dan manajemen DMI. Dalam memfokuskan pada sukses dan capaian program, JK juga membentuk posisi dan peran Direktur Program DMI untuk memperkuat koordinasi dan sinerji pelaksanaan program utama DMI.
Pada Muktamar VII, Â PP DMI secara struktur kelembagaan mengalami pengembangan dengan tetap menjaga keberlanjutan bidang yang ada. Ditambah dengan penguatan fundamen kelembagaan dengan keberadaan beberapa badan otonom yang secara khusus dan terfokus mengerjakan target, program dan capaian sesuai dengan wilayah tugas dan bidangnya.
Postur kelembagaan pada era kedua kepemimpinan JK di DMI mencakup departemen sebagai berikut : Pemberdayaan Organisasi dan Pembinaan Kewilayahan; Â Peribadatan dan Hukum; Â Dakwah, Ukhuwwah dan Sumber Daya Keumatan; Â Pendidikan, Iptek dan Kebudayaan; Kominfo, Pengembangan Arsitektur dan Infrastruktur; Pemberdayaan Ekonomi dan Kewirausahaan; Pemberdayaan Potensi Muslimah dan Keluarga; Kesehatan dan Sanitasi Lingkungan; Sosial, Kemanusiaan dan Penanggulangan Bencana; Hubungan Antar Lembaga dan Hubungan Luar Negeri; dan Kaderisasi Pemuda dan Remaja Masjid.
Badan-badan otonom dan badan usaha pun dibentuk dalam memperluas dan mempercepat capaian sukses dari 10 Program di seluruh masjid dan jamaahnya. Terdapat beberapa badan otonom, yaitu : LBH DMI (Lembaga Bantuan Hukum); BKP2U (Badan Konsultasi Pelatihan dan Pemberdayaan Umat); BPTKI Â (Badan Pembina Taman Kanak-Kanak Islam); KMM (Korps Muballigh-Muballighah); BKMM (Badan Koordinasi Majelis Taklim Berbasis Masjid); PRIMA (Perhimpunan Remaja Masjid); Ikatan Khatib DMI; PIM (Perhimpunan Imam Masjid); PTPQ (Perhimpunan Taman Pendidikan Al-Quran); HPBM (Himpunan Pengusaha Berbasis Masjid), dan PKM (Perhimpunan Koperasi Masjid).
Dari sejumlah program yang terus berkembang, JK memfokuskan pada 10 Program Utama yang sangat progresif, lebih luas dan lebih cepat untuk dilaksanakan secara nyata dan berkesinambungan.
Program memakmurkan masjid  seperti  penataan akustik masjid,  menghadirkan progam aplikasi berbasis masjid, menata manajemen masjid yang lebih profesional, meningkatkan dakwah dan ukhuwwah, menata kebersihan dan kesehatan masjid, kesehatan dan lingkungan asri, juga menata desain arsitektur  dan infrastruktur  masjid, termasuk mengembangkan pendidikan berbasis masjid serta menyiapkan generasi muda, remaja dan pemuda terdidik dan handal dalam keimanan dan ketakwaan serta unggul dan berdaya saing.Â
Program dimakmurkan masjid termasuk juga dalam pemberdayaan ekonomi umat berbasis masjid, pengembangan wisata religi berbasis masjid, dan menyiapkan generasi muslim dan keluarga muslim yang sakinah.
