PMII dengan tegas menegaskan komitmennya untuk menjaga dan memelihara ajaran Islam Ahlusunnah wal Jamaah. Hal ini didasarkan pada pemahaman bahwa aspirasi mahasiswa dari NU sebelumnya kurang terakomodasi dalam organisasi mahasiswa Islam yang sudah ada sebelumnya.Â
Dengan demikian, PMII berusaha menjadi wadah yang inklusif bagi mahasiswa yang menganut ajaran Islam Ahlusunnah wal Jamaah, dengan memberikan perhatian khusus terhadap kebutuhan dan aspirasi mereka. Melalui pendekatan ini, PMII berharap dapat memberikan ruang yang lebih luas bagi mahasiswa NU dan memastikan bahwa ajaran dan nilai-nilai mereka dihargai dan dipromosikan dalam lingkungan organisasi.
Berikut adalah ketua umum PB PMII dari masa ke masa:
1. Mahbub Djunaidi (1960-1967)
2. Mohammad Zamroni (1967-1973)
3. Abduh Paddare (1973-1977)
4. Ahmad Bagja (1977-1981)
5. Muhyiddin Arubusaman (1981-1984)
6. Suryadharma Ali (1985-1988)
7. M Iqbal Assegaf (1988-1991)
8. Ali Masykur Musa (1991-1994)
