Kemudian, tatkala negara ini sudah merdeka, dan ideologi yang digunakan bangsa ini adalah Pancasila, PKI yang menganut ideologi komunisme, jelas tidak terima dan selalu berusaha untuk mengganti ideologi bangsa ini menjadi ideologi Komunisme, sehingga pada tahun 1948, PKI pun kembali melakukan gerakan pemberontakan yang dikomandoi oleh Muso, yang kemudian dikenal dengan pemberontakan PKI Madiun.
Di dalam pemberontakkan ini, Muso banyak membantai para kiyai, santri dan para agamis, dengan tujuan yang sama, yaitu mengganti ideologi negara ini menjadi ideologi komunis, dan tujuan nya itu sudah berhasil dia capai,yaitu mendeklarasikan negara barunya yaitu negara soviet Indonesia di Madiun, yang pada akhirnya berhasil digagalkan oleh Ir.Soekarno dengan bantuan pasukan siliwangi, dan berhasil menumpas pemberontakkan itu.
Kemudian setelah pemberontakan PKI Madiun itu, pada tahun 1948, PKI kemudian hanya bergerak diam-diam menyebar luaskan paham komunis yang mereka anut mereka membunuh semua orang yang tidak mau ikut dan melawan dengan mereka.
Mereka terus menyebarkan ajaran mereka dengan kekerasan, sampai pada akhirnya, pemberontakkan untuk mengganti ideologi pancasila ini pun terjadi lagi pada tahun 1965,  dengan tujuan yang sama, namun dengan motif yang berbeda, pemberontakkan ini di pimpin oleh  D.N Aidit, dia  memikirkan rencana ini dengan sangat matang dan terorganisir, namun dengan izin Allah.
Pemberontakkan ini berhasil digagalkan dan lokasi tempat dibuangnya para jenderal pun berhasil ditemukan beserta jasad para jenderal yang sudah membusuk, tepat nya pada tanggal 05 oktober 1965, adapun jenderal-jenderal yang menjadi korban kejamnya PKI itu antara lain: Mayjen.S. Parman, Mayjen.R,Suprapto, Mayjen.M.T.Haryono, Letjen.Ahmad Yani, Brigjen D.J. Panjaitan, Lettu Piere Tandean, Dan Brigjen Soetojo Siswomihardjo.
Kejadian G 30S PKI ini merupakan pelajaran bagi kita semua sebagai generasi penerus perjuangan bangsa, untuk tidak membiarkan paham komunisme kembali tumbuh dengan tenang di negara kita yang tercinta ini.
Jelas apa yang dilakukan oleh PKI itu, merupakan hal yang sangat bertentangan dengan ideologi negara kita saat ini dan tidak bisa dibiarkan berkembang, cukuplah sejarah yang kelam ini menjadi pelajaran bagi kita semua, dan jangan sampai sejarah ini terulang kembali pada kita sebagai generasi penerus bangsa.
Kita harus tetap pertahankan keutuhan ideologi negara kita dan mengubur dalam-dalam ideologi komunisme, yaitu dengan berpegang teguh pada agama dan keyakinan kita, dan terus melestarikan sejarah, jangan sampai sejarah yang kelam ini dilupakan oleh generasi penerus bangsa, karena apabila sejarah ini telah dilupakan, maka disitulah paham komunisme akan kembali tumbuh!.
