Selain itu sebab terjadinya konflik beragama tentu saja karena faktor rendahnya toleransi terhadap masing-masing perbedaan, apa itu toleransi? tidak ada saling pengertian dan menghormati agama lain dan umat agama lain, jadi toleransi berasal dari kata "Toleransi" sendiri berarti menoleransi atau memaklumi (menghargai, mengizinkan, mengizinkan), sikap berbeda dan/atau menentang (pendapat, pendapat, kepercayaan, adat istiadat, dll).Â
Secara bahasa atau etimologi, toleransi berasal dari bahasa Arab tasamuh, yang berarti memaafkan, memaafkan dan membuka hati. Umat beragama tidak  saling menghormati alam dan martabat manusia, dimana nilai-nilai kemanusiaan yang universal, khususnya hati nurani dan cinta  kerukunan, toleransi dan persatuan dalam pluralitas beragama, tidak lagi berlaku untuk terciptanya hubungan yang harmonis antar pemeluk agama.
Adapun menurut Umar Hasyim toleransi secara terminologi yaitu pemberian kebebasan kepada sesama manusia atau  sesama warga negara untuk menjalankan keyakinannya atau untuk mengatur kehidupannya sendiri dan menentukan nasibnya sendiri, dengan syarat penerapan dan penetapan sikapnya  tidak melanggar atau bertentangan dengan syarat-syarat, sehingga terciptanya ketertiban serta kedamaian dalam masyarakat. Namun menurut W. J. S. Poerwadarminto dalam KBBI Toleransi adalah sikap  yang menghargai dan memperbolehkan suatu pandangan, pendapat, keyakinan atau lainnya yang berbeda dengan diri sendiri.
toleransi juga ada kaitannya dengan agama, toleransi beragama adalah toleransi yang mencakup hal-hal yang berkaitan dengan keyakinan seseorang yang berkaitan dengan agamanya atau tuhan yang dianutnya. Seseorang harus diberi kebebasan untuk meyakini dan menganut agama pilihannya (iman) dan menghormati penerapan ajaran yang dianut atau  diyakininya.Â
Toleransi berarti membiarkan berkembangnya suatu sistem yang menjamin  pribadi, hak milik dan unsur-unsur minoritas dalam masyarakat, menghormati agama, moralitas dan lembaga-lembaganya, serta menghormati pendapat orang lain dan perbedaan lingkungannya, tanpa harus menentang mereka karena  berbeda keyakinan atau agama.Â
Toleransi beragama berarti menghargai keterbukaan hati seseorang  dan membiarkan pemeluk agama menjalankan ibadahnya sesuai dengan ajaran dan aturan agamanya tanpa ada yang mengganggu atau memerintah orang lain atau bahkan keluarganya. Di dalam agama telah dijelaskan bahwa ada dua pola dasar yang perlu di lakukan oleh pemeluknya,Â
Yang pertama adalah hubungan antara individu dan Penciptanya, yang diwujudkan dalam bentuk ibadah yang dijelaskan oleh setiap agama. Hubungan ditangani secara individual, tetapi lebih disukai secara kolektif atau berjamaah (doa dalam Islam).Â
Dalam kaitan ini, terdapat toleransi beragama yang hanya terbatas pada lingkungan atau agama. Hubungan yang kedua adalah hubungan antara manusia dengan sesamanya. Hubungan ini tidak terbatas pada lingkungan agama, tetapi juga berlaku untuk semua orang yang tidak seagama, dalam bentuk kerjasama dalam masalah sosial atau kesejahteraan umum. Dalam hal ini, toleransi berlaku  dalam kehidupan sosial antar umat beragama.
Toleransi antar umat beragama berarti  sikap manusia  untuk menghormati dan menghargai perwakilan agama lain sebagai penganut dan orang yang memahami iman. Dalam masyarakat yang berlandaskan Pancas, khususnya sila pertama, kesalehan adalah mutlak menurut setiap agama dan kepercayaan. Semua agama menghormati orang, jadi semua orang beragama berkewajiban untuk saling menghormati. Dengan cara ini keharmonisan dipromosikan antara perwakilan dari berbagai agama.
Dari semua penjelasan di atas bahwa toleransi sangat penting untung mengatasi segala problematika antar agama yang ada di Indonesia bahkan islam sangat mengajurkan akan sikap toleransi, tolong menelong sesama, hidup yang harmonis antara umat manusia tanpa harus memandang suku, budaya, bahasa dan agama, seperti yang telah dicantumkan pada (QS. al-Mumtahannah  8-9), yaitu;
"Allah tidak melarang kamu untuk berbuat baik dan berlaku adil terhadap orang-orang yang tiada memerangimu karena agama dan tidak (pula) mengusir kamu dari negerimu. Sesungguhnya Allah menyukai orang-orang yang berlaku adil. Sesunggujmya Allah hanya melarang kamu menjadikan sebagai kawanmu orang-orang yang memerangimu karena agama dan mengusir kamu dari negerimu, dan membantu (orang lain) untuk mengusirmu"