Pada tahun 1948-1952 an, KH. Fauzan aktif di organisasi/ partai politik yaitu Majelis Syura Muslimin Indonesia atau yang dikenal dengan Masyumi yang didalamnya ada unsur atau perwakilan dari Nahdlatul Ulama ( NU). Sebagai ketua Masyumi Kabupaten Jepara, KH. Fauzan memiliki andil besar berjuang dalam urusan negara.
Terkait dengan hubungan antara agama dana negara, KH. Fauzan memiliki pemikkran bahwa yang paling utama atau esensial dalam membangun bangsa dan agama bukan terletak pada simbol simbol agama atau mendirikan negara Islam tetapi lebih kepada bagaimana mewujudkan ketentraman, kebahagia dan kesejahteraan bagi masyarakat.
Hal ini dapat dilihat dari syair yang dibuatnya; " lawanmu iku mung werno loro, musuh agomo lan negoro, liyaniniku dulur kabeh, rukun asih lan sumeh, becik ketitik olo ketoro, coro agomo lan coro negoro, sing sinten mlanggar totocoro, donyo akherat keloro loro". Musuhmu itu hanya ada dua, yaitu musuh agama dan negara, selain musih negara dan agama itu adalah teman atau sahabat, bersatu,mkasih sayang dan saling perhatian.
Orang yang baik dan jahat akan diketahui ciri cirinya, baik menurut aturan agama dan negara, siapapun yang melanggar atyran agama dan negara pasti akan sengsara di dunia dan akherat". Inilah falsafat KH. Fauzan dalam membina umat dan mengatur negara. Bahwa aturan agama dan negara hatus ditegakkan dalam konteks berbagngsa Indonesia.
Setiap otang Islam tidak boleh melawan negara Indoensia yang berdasarkan pancasila apapun alasannya. Melanggar negara juga bagian dari melanggar agama.
Perjuangan KH. Fauzan terhadap penjajah tidak bisa diragukan lagi. Berbekal kemampuan dalam ilmu ilmu agama dan ilmu politik, KH. Fauzan terus aktif melakukan pengorganisasian untuk melawan penjajah. Dimata  penjajah belanda ataupun Jepang, KH. Fauzan dianggap tokoh atau ulama yang dianggap sebagai penghalang cita cita para penjajah.
Setiap hari KH. Fauzan di kejar kejar atau diburu penjajah untuk ditangkap dan dipenjara. Menghindari kejaran penjajah, KH. Fauzan berpindah pindah dari satu tempat ke tempat lain. Lokasi yang menjadi tempat persembunyiaan di desa Plajan Kecamatan Bangsri, Desa Cepogo kecamatan Kembang dan desa tempur kecamatan Keling.
Sampai sekarang ketiga desa itu termasuk desa yang jauh dari jalan raya Jepara Pati, sehingga sangat rasional sebagai tempat bersembunyi karena penjajah akan kesulitan menuju tiga desa tersebut. Desa tempur berada di puncak gunung muria, jalan untuk menuju desa Tempur cukup sulit. Mulai tahun 2000 desa tempur dijadikan desa wisata oleh pemerintah kabupaten Jepara. Sehingga mulai tahun itu itulah jalan menuju desa tempur agak mudah dijangkau.
Desa copogo juga berada di ujung selasan bersebelahan dengan desa tempur dan baru pada tahun 2000 an dibangun akses jalan yang mudah di jangkau. Begitu juga desa plajan yang berada di pinggir kecamatan bangsri. Pilihan bersembunyi di tiga desa itu merupakan pilihan yang sangat tepat dan rasional untuk berikhtiyar menjaga keselamatan diri dan pengikut KH. Fauzan.
Peran dalam politik dilakukan dengan melawan penjajah Jepang. Karena kualitas dan wawasan dalam politik dan kewibawaan sebagai pemimpin, pada tahun 1945 melalui hasil rapat ulama/ kiai se karisedenan Pati memutuskan KH. Fauzan ditunjuk sebagai ketua Tim melakukan pelucutan senjata pasukan Jepang untuk wilayah Jepara, Kudus, Pati dan Rembang.
Penujukkan sebagai ketua Tim pelucutan senjata tentara Jepang menunjukan bahwa KH. Fauzan adalah seorang figur pemimpin yang memiliki kewibawaan yang tidak perlu diragukan lagi.