Tumbukan dua lempeng itu selama jutaan tahun memicu pengangkatan tanah di area Toba. Hingga timbul sebuah gundukan raksasa setinggi 905 m. Di perutnya, suhu tinggi akibat tumbukan memicu pembentukan dapur magma. Itulah Gunung Toba.
Sebelum letusan terakhir, Gunung Toba telah meletus sedikitnya tiga kali. Pertama, letusan 1.3 juta tahun lalu, membentuk kaldera Haranggaol di sektor utara danau. Kedua, letusan 840,000 tahun lalu, membentuk kaldera Porsea di sektor timur sampai tenggara. Ketiga, letusan 501,000 tahun lalu, lagi di kaldera Haranggaol.
Letusan terakhir terjadi 74,000 tahun lalu di kaldera Sibandang, sektor baratdaya. Geolog mencatat letusan terakhir Gunung Toba ini sebagai yang terdahsyat (super volcano) sepanjang sejarah bumi. Letusan ini melontarkan 2,800 km kubik material ke atmosfir. Terdiri dari 800 km kubik batuan dan 2,000 km kubik abu vulkanik yang tersebar sampai ke Cina dan Afrika.
Super volcano itulah, dengan dua cara, yang telah menghilangkan badan Gunung Toba dari rupa bumi.Â
Pertama, letusan 74.000 tahun lalu itu telah meruntuhkan kubah Gunung Toba ke dasar danau kaldera. Sekitar 34,000 tahun kemudian, atau 30,000 tahun lalu, kubah gunung itu terangkat kembali ke permukaan danau kaldera karena dorongan sisa magma di perut gunung.Â
Saat proses pengangkatan itu kubah terpenggal dua. Penggalan pertama muncul lebih dulu menjadi Pulau Samosir sekarang. Penggalan kedua adalah daratan Uluan di seberang timur Samosir, blok daerah antara Parapat di utara dan Porsea di selatan.
Batuan tersingkap di daerah Tuktuk Samosir telah membuktikan asal-usul Pulau Samosir itu. Batuan itu adalah bekuan lava riodasit yang tertutupi oleh endapan danau purba. Artinya daratan Samosir pernah terbenam di dasar danau.
Kedua, letusan yang sama menyemburkan 2,800 km kubik material batuan dan abu vulkanik ke permukaan bumi dan atmosfir. Sebagian dari material itu menutupi hampir seluruh wilayah Sumatera Utara sekarang setebal sampai 500 meter. Akibatnya sisa kaki Gunung Toba hilang tertutupi material vulkanik. Bentang alam yang terbentuk kemudian adalah dataran tinggi yang kini dikenal sebagai Dataran Tinggi Toba.
Dua kejadian alam itu, amblasnya kubah gunung dan terkuburnya kaki gunung oleh material vulkanik, telah menghilangkan sosok Gunung Toba selamanya. Yang tersisa kemudian hanya danau kaldera raksasa (1,265 km2) dengan dinding batuan yang tampak dramatis tanpa kehadiran gunung.
Pemandangan dramatis semacam itu akan tampak memukau bila kita turun berkendara dari Sibaganding ke Parapat, atau dari Tele ke Pangururan Samosir, atau juga dari Merek ke Tongging.
Boleh dikatakan danau kaldera Toba telah menelan kubah gunung berapinya sendiri. Memamahnya selama puluhan ribu tahun sebelum kemudian melepehnya lagi menjadi Pulau Samosir dan blok Uluan.