Ujungnya Wimanjaya menjadi pesakitan pengadilan karena kasus subvesif. Label subversif memang menjadi andalan paling ampuh rezim orde untuk meredam dan meng-antisipasi gerekan gerakan yang dianggap melawan penguasa, makanya sebutan ‘’gerakan subversif’’ dikala itu adalah sesuatu yang dianggap tabu.
Wimanjaya ahirnya resmi menjadi terdakwa dengan tuduhan maker kepada Presiden, isi bukunya dianggap telah memenuhi unsure perbuatan makar dan penuh fitnah. Saking jengkelnya melihat isi buku itu, Wimanjaya sampai sampai disebut orang gila, orang gila yang ingin melawan Suharto.
Tahun 1998, menjelang runtuhnya rezim orde baru, Pengadilan memutuskan, Wimanjaya dinyatakan tidak bersalah, Wimanjaya bebas murni. Ketika Wimanjaya akan dikeluarkan dari Cipinang lantaran sudah bebas, Wimanjaya malah bikin ulah, ia justru minta waktu 2 hari lagi menetap di Cipinang, alasannya; Masih ada ketikan catatan yang belum selesai.
Meski ia sudah bebas , tapi masih ada satu lagi kasus yang menggantung yakni persoalan buku Prima Dusta yang dianggap buku terlarang. Namun pada ahirnya, tahun 2001, oleh Pengadilan diputuskan bahwa buku Prima Dusta dan Prima Duka, tidak layak criminal dan Wimanjaya tidak bersalah.
Atas dasar itulah Wimanjaya menggugat negara telah melakukan pebuatan melawan hukum, hasilnya Wimanjaya menang, negara diharuskan membayar satu milyar rupiah walaupun belum inkrah lantaran Negara cq Jaksa Agung melakukan banding.
Ya itulah kakek pencari keadilan Prof,DR, Wimanjaya Keeper Leotohe yang menurut pengakuannya bergelar Ulama alias Usia Lanjut Masih Aktif.
Catatan;
Diolah dari wawancara husus TVONE denga Wimanjaya dan sumber lain.