Meskipun memiliki banyak manfaat, pengkaderan mahasiswa baru juga dihadapkan pada berbagai tantangan. Salah satunya adalah masalah kekerasan dan perpeloncoan yang masih terjadi di beberapa tempat. Praktik-praktik yang tidak sesuai dengan nilai-nilai pendidikan dan kemanusiaan ini harus dihilangkan.Â
Organisasi mahasiswa perlu memastikan bahwa proses perkaderan berjalan dengan aman, nyaman, dan mendidik. Selain itu, tantangan lain adalah bagaimana mengintegrasikan teknologi dengan pendekatan humanis dalam pengkaderan. Penggunaan teknologi tidak boleh menggantikan interaksi langsung yang mendalam dan personal. Organisasi mahasiswa perlu mengembangkan metode dan strategi yang memadukan kedua aspek ini untuk menciptakan proses pengkaderan yang efektif dan inklusif.
