Jabatan wakil presiden yang diberikan kepada Sri Sultan tak menutupi dominasi ABRI dalam kehidupan politik. Jabatan-jabatan non-militer tetap saja diisi tentara. Wapres memang Sri Sultan, tapi kekuasaan tertinggi ada di tangan presiden daripada Soeharto. Sri Sultan pun, meski punya kedudukan raja, tak ingin mendahului tindak-tanduk salah satu rakyat jelatanya yang bernama Soeharto. posisi wakil presiden di masa Orde Baru tak sebaik yang dipikirkan Sri Sultan Hamengkubuwana IX. Tidak lebih baik dari era Hatta belasan tahun sebelumnya.
Pada masa-masa awal Orde Baru, Sri Sultan bersama Soeharto dan Menteri Luar Negeri Adam Malik, mereka bekerja keras memulihkan keamanan dan perekonomian Indonesia . Sri Sultan punya jasa besar dalam negosiasi-negosiasi utang dan upaya menarik investasi pada masa-masa awal Orde Baru ini.Pada pemilu periode berikut nya , sultan hamengkubuwono IX ditawarkan kembali menjadi wakil presiden oleh soeharto . Tetapi ia menolak karena adanya pandangan yang berbeda antara keduanya .
“Pertimbangan ini saya ambil antara lain dengan menggunakan pertimbangan kesehatan saya dewasa ini…..Pertimbangan lain setelah saya renungkan dalam-dalam adalah adanya rasa tanggung jawab di mana tumbuh keinginan di dalam jiwa saya untuk memberikan bakti lebih besar kepada negara dan bangsa,” kata Sri Sultan.
“Hal ini hanya dapat saya laksanakan hanya apabila saya melepaskan diri dari hambatan resmi yang melekat pada jabatan Wakil Presiden.”
Hubungannya dengan Presiden Soeharto makin renggang, makin dingin. Mereka makin jarang bertemu. Soeharto juga jarang sekali minta pertimbangan Sri Sultan sebagai kebijakan penting pemerintah Soeharto menawarkan kembali posisi Wakil Presiden untuk lima tahun berikutnya kepada Sri Sultan. Soeharto terus berusaha membujuk Sultan. Hingga tiga kali Sri Sultan mengirimkan surat penolakan sampai akhirnya Soeharto menyerah. Tak sedikit orang yang berusaha melunakkan sikap Sri Sultan. Sebagian orang juga menyayangkan penolakan Sri Sultan, sosok yang dibutuhkan untuk mengimbangi Soeharto. Tapi kata-kata sudah diucapkan, pantang ditarik kembali.
Konsentrasi Hamengkubuwono IX tidak hanya pada kesejahteraan dan ekonomi rakyat. Di bidang pendidikan, Sultan yang pernah mencicipi bangku Frobel School asuhan Juffrouw Willer di Bintaran Kidul, Eerste Europese Lagere School Hogere Burger Schooldi Semarang dan Bandung), serta Rijkuniversiteit Leiden, jurusan Indologie kemudian ekonomi ini juga sangat menaruh perhatian. Pengalaman dan kecerdasannya juga dimanfaatkan secara penuh di bidang ekonomi ketika kembali di Kementerian menjadi Menteri/Ketua Badan Pemeriksa Keuangan pada 5 Juli 1959 dan Wakil Perdana Menteri Bidang Ekonomi 11 pada Maret 1966
Dalam kehidupan pribadinya, Hamengkubuwono IX tercatat pernah 5 kali menikah. Istri pertamanya adalah BRA Pintakapurnama/KRA Pintakapurnama pada tahun 1940. Kemudian RA Siti Kustina/BRA Windyaningrum/KRA Widyaningrum/Ray Adipati Anum, putri R.W. Purwowinoto pada tahun 1943. Ketiga, Raden Gledegan Ranasaputra/KRA Astungkara, putri Raden Lurah Ranasaputra dan Sujira Sutiyati Ymi Salatun di tahun 1948. Keempat, KRA Ciptamurti, dan yang terakhir Norma Musa/KRA Nindakirana, putri Handaru Widarna di tahun 1976. Dari pernikahan itu, Hamengkubuwono IX dikaruniai 15 putra dan 7 putri.
Pada 2 Oktober 1988 malam, ketika HB IX tengah berkunjung ke Amerika Serikat ia meninggal di George Washington University Medical Center. Jenazahnya pun langsung diterbangkan ke Indonesia untuk dimakamkan di Kompleks Pemakaman Raja-Raja di Imogiri, Bantul. Seakan turut berduka, tepat di hari kematiannya, diceritakan bahwa pohon beringin Kyai Wijayandaru yang ada di Alun-Alun Utara Yogyakarta roboh. Untuk menghargai segala jasa dan perjuangannya bagi Bangsa Indonesia, Sri Sultan Hamengku Buwono IX dianugerahi gelar Pahlawan Nasional pada 8 Juni 2003 oleh Presiden RI .
