Banyak nya demonstran yang menuntut pembubaran republik indonesia menjadi masa yang sangat sulit untuk indonesia . Sebagian besar rakyat Indonesia tidak puas dengan hasil Konferensi Meja Bundar (KMB) yang melahirkan negara Republik Indonesia Serikat (RIS) sehingga menyebabkan banyaknya demonstrasi menuntut bergabung kedalam bagian dari Republik Indonesia.
“ bubarkan RIS ..... bubarkan RIS .....” sorak sorai demonstran di depan gedung
“ RIS tidak sesuai dengan cita cita proklamasi negara republik indonesia”
“ Pemerintah tidak berpihak kepada rakyat ”
Lalu diadakan lah perundingan antara Pemerintah RIS untuk membahas aksi demonstran tersebut . hasil dari perundingan itu Pemerintah RIS dan RI berhasil menyepakati Rancangan UUD Negara Kesatuan. Sehari kemudian, Presiden Soekarno membacakan piagam terbentuknya NKRI dan dinyatakan mulai berlaku pada tanggal 17 Agustus 1950.Dengan demikian, sejak 17 Agustus 1950 negara RIS secara resmi dibubarkan dan kembali ke Negara Kesatuan Republik Indonesia
Sultan hamengkubuwono IX menjadi wakil perdana menteri pada kabinet natsir , pada masa ini terjadi beberapa pemberontakan di indonesia . Terjadi perundingan masalah irian barat , Belanda menolak klaim bahwa setengah Nugini yang dikuasai oleh Belanda pada dasarnya berada pada wilayah Hindia Belanda dan bahwa Republik Indonesia yang saat itu baru berdiri berhak penuh atas seluruh bekas koloni Belanda tersebut.
Sultan hamengkubuwono IX bertugas memiliki tanggung jawab untuk mengatur pekerjaan kepemerintahan dan mengatur kebijaksanaan sosial dan ekonomi . sultan hamengkubuwono IX Melaksanakan ekonomi nasional yang sehat dengan program Gerakan Benteng. Pada tanggal 8 Desember 1950 Abdul Halim mundur karena alasan kesehatan, perannya dialihkan oleh Sultan Hamengku Buwono IX. Kabinet natsir tidak berjalan lama diduga karena munculnya mosi tidak percaya terhadap Kabinet Natsir. Hal itu dilatari oleh terjadinya pemberontakan hampir di seluruh wilayah Indonesia. Perdana Menteri Natsir mengembalikan mandatnya kepada presiden.
Seriring berjalan nya waktu dengan berakhirnya perjuangan para pemimpin negara yang telah memperjuangkan kemerderkaan indonesia , timbul permasalahan sosial yang menimbulkan perpecahan di kalangan masyarakat . perekonomian indonesia terpuruk setelah tiga tahun di duduki jepang dan empat tahun melawan belanda . perekonomian belum mampu mendorong kebutuhan rakyat untuk mengimbagi pertambahan penduduk .
Program Benteng tahap 2 dimulai pada masa Kabinet Ali pertama. Program Benteng tahap 2 merancang pemberian kredit dan lisensi pada pengusaha swasta nasional bumiputera agar dapat bersaing dengan para pengusaha non bumiputera. Program Benteng gagal karena salah sasaran. Banyak perusahaan bumiputera yang menjual lisensi impor yang diberikan oleh pemerintah kepada para pengusaha non bumiputera.
***
Indonesia masih dalam keadaan terguncang dan terjebak dalam kekacauan. Tepat pada hari itu, Presiden Soekarno dipaksa menandatangani sebuah dekrit yang memberikan kekuasaan kepada Jenderal Suharto. Pada masa pemerintahan soeharto saat menjadi presiden sultan hamengkubuwono IX dipercaya kembali menjadi wakil presiden selama 1 periode . Pemerintah Suharto ini berfokus pada pembangunan ekonomi.
