Selain itu PKI tidak memiliki senjata yang dapat menandingi militer alhasil PKI mengambil jalan damai dalam mengambil kekuasaan dan ideologi yang lebih fleksibel untuk  diterapkan dalam kondisi sosial masyarakat Indonesia.
Dengan memiliki hubungan erat dengan Soekarno dan menyuarakan narasi nasionalisme PKI mendapatkan kepercayaan pada masyarakat,hal ini bukan berarti PKI tidak mengalami konflik demi memperkuat aliansinya.Tidak hanya itu PKI juga pernah memiliki konflik dengan militer,perbedaan ideologi pada mereka semakin meninggikan persaingan ini.
Inilah kondisi politik Indonesia pada saat itu Soekarno memiliki dua pilar yang tidak dapat dipisahkan disatu sisi militer sebagai alat pertahanan dan politik di Indonesia dan di sisi lain PKI yang memiliki basis organisasi dan dukungan massa yang mampu memperkuat posisi Soekarno.
Soekarno sebagai pemimpin bangsa harus menyeimbangkan kedua pilar tersebut apabila salah satu mulai kuat dari seharusnya maka mereka dapat perlahan-lahan mengambil alih kekuasaan Soekarno bahkan menlenyapkan pilar lain sebelumnya.Untuk menyeimbangkan kekuatan militer Ahmad Yani di tunjuk oleh Soekarno sebagai kepala staff angkatan darat,karena Ahmad Yani dinilai orang yang setia pada dirinya selain itu dia mulai menghilangkan hukum darurat militer.
Walaupun PKI sekarang lebih melesat meskipun begitu PKI masih tidak bisa mengalahkan kekuatan militer dalam hal persenjataan dan masih bergantung pada perlindungan Soekarno.
Kekhawatiran PKI menggebu-gebu ketika kesehatan Soekarno menurun sebab militer dapat mengambil alih pemerintahan,dalam rangka mengantisipasi hal tersebut PKI membentuk biro khusus yang diketuai oleh Shan untuk mengoleksi gerak-gerik dari militer yang berhubungan dengan PKI dan menarik simpati tentara Indonesia pada teori marxsisme dan komunisme.
Terdengar kabar dari biro khusus bahwa terdapat sebuah dewan jendral yang berupaya untuk melakukan kudeta pada 5 Oktober 1965 meskipun keberadaan dewan jendral tersebut masih dipertanyakan, hal ini yang memicu G30SPKI ada beberapa versi akan kejadian ini.
Menurut PKI merespon akan hal tersebut dan membuatnya seolah-olah konflik internal pada TNI dan menghentikan upaya dewan jendral tersebut dengan mempengaruhi bagian militer lain dalam militer untuk menangkap mereka,meskipun pada akhirnya upaya tersebut berakhir pada bencana.
Namun adapula pakar sejarah Benedict Andersen  mengatakan bahwa kudeta tersebut memang berasal dari konflik internal angkatan darat khususnya dari devisi diponegoro yang merasa ditelantarkan oleh pimpinan militer pusat baik secara ekonomi maupun secara moral.
