Namun, pesantren yang sudah didirikannya hancur dibombardir oleh belanda. Peristiwa inilah yang menjadikan Mbah Muqoyyim sempat berpetualang ke wilayah Pemalang dan akhirnya kembali ke Cirebon untuk membangun lagi pesantren Buntet di wilayah yang berbeda, yaitu di Blok Manis, Depok Pesantren Desa Mertapada Kulon.
Kyai Muqoyyim memiliki lima putra-putri yakni Kyai Muhajir, Nyai Sungeb, Nyai Raisah, Nyai Thoyyibah, dan Nyai Khalifah. Dari keturunan Nyai Khalifahlah dari pernikahannya dengan Kyai Muta'ad pesantren dilanjutkan dan berkembang sampai saat ini.
Di tempat yang sekarang ini berada, pesantren ini posisinya ada di antara dua Desa: + 80% Pesantren ini menjadi wilayah administratif Desa Mertapada Kulon dan sisanya bagian Barat milik Desa Munjul. Pesantren ini sendiri bukanlah nama Desa, melainkan hanya tempat/padepokan santri.
Dalam perkembangan selanjutnya, kepemimpinan Pondok Buntet Pesantren dipimpin oleh seorang Kyai yang seolah-olah membawahi kyai-kyai lainnya yang memimpin masing-masing asrama (pondokan). Segala urusan ke luar diserahkan kepada sesepuh ini.
Lebih jelasnya periodisasi kepemimpinan Kyai Abdullah Abbas (alm). Saat ini diganti oleh Kyai Nahduddin Abas.
Baca juga : Tips Mengirim Anak Belajar ke Pondok Pesantren
Menurut Nyai Nihayati salah satu pengasuh Pontren Al-Ma'mun (dulunya Asrama C) Pesantren Buntet memiliki asrama dari A sampai L. Selanjutnya berkembang menjadi pesantren-pesantren yang secara kajian materi sama hanya pengadminiatrasian saja yang berbeda. Pesantren-pesantren ini sudah mencapai sekitar 50 pesantren yang dikelola oleh keturunan Kyai Muqoyyim.
Baca konten-konten menarik Kompasiana langsung dari smartphone kamu. Follow channel WhatsApp Kompasiana sekarang di sini: https://whatsapp.com/channel/0029VaYjYaL4Spk7WflFYJ2H
