Kerumitan semakin kompleks saat pergantian rezim pemerintah dan kepemimpinan institusi negara terjadi. Arsip yang diposisikan rahasia dan disimpan hanya oleh pimpinan institusi, luput diwariskan pengelolaannya kepada suksesi selanjutnya.
Bisa jadi pada fase inilah buramnya jejak arsip laporan penyelidikan TPF semakin tegas dan tidak terlacak.
Indikasi ini menunjukan tata kelola kearsipan yang dibangun belum diterapkan secara baik sehingga tidak dapat memetakan posisi arsip-arsip yang demikian penting.
Ditengah polemik ketidakjelasan keberadaan laporan TPF Munir, mantan Menteri Sekretaris Negara era Pemerintahan SBY, Sudi Silalahi menyatakan kemungkinan laporan hasil penyelidikan TPF telah diserahkan pada Arsip Nasional RI (ANRI).
Hal ini merujuk pada kegiatan penyerahan arsip 10 tahun Pemerintahan SBY pada tanggal 17 Oktober 2014. Namun faktanya, klaim ini tidak terbukti.
Sebab mencermati daftar arsip maupun berkas fisik arsip yang diserahkan kepada ANRI, tidak ada satupun yang identik sebagai laporan penyelidikan TPF.
Hal ini menjadi petunjuk bahwa dokumen penyelidikan TPF bukanlah arsip tunggal yang merepresentasikan fungsinya sebagai pelaksanaan tugas kepresidenan, tetapi lebih lekat sebagai kesatuan dari berkas penyelidikan kasus hukum meninggalnya munir yang berada pada penegak hukum.
Secara pengelolaan kearsipan, ada dua hal yang menyebabkan arsip laporan penyelidikan TPF tidak bermuara di ANRI. Pertama, jenis arsip laporan penyelidikan TPF bukan merupakan arsip statis dengan status keterangan permanen, sebab secara hukum kasus ini diputuskan sebagai pidana umum perkara pembunuhan.
Berdasar pada pasal 8 Perka ANRI No.21 Tahun 2014 tentang Pedoman Retensi Arsip Sektor Politik, Hukum dan Keamanan Urusan Hukum, bahwa jenis arsip proses peradilan yang dikategorikan sebagai arsip permanen hanyalah perkara sabotase, spionase, terorisme, subversif, korupsi, pencucian uang, perdagangan manusia, narkotika dan obat/bahan berbahaya, kejahatan transnasional dengan ancaman hukuman 5 tahun keatas.
Sayangnya peraturan ini luput memasukan proses peradilan kasus HAM, konflik horizontal/SARA dan konflik agraria sebagai perkara strategis yang wajib diatur.
Kedua,jikapun ada dorongan mempermanenkan arsip TPF Munir atas kepentingan nilai guna kesejarahan sebagaimana merujuk pada Pasal 79 ayat (1) butir a UU No.43 Tahun 2009 tentang Kearsipan atas dasar pertimbangan kepentingan nasional dan isu HAM, penyerahannya harus memenuhi unsur keutuhan dan dapat digunakan sebagaimana ketentuan pasal 80 ayat (1).
