Tidak ada penjelasan rasional tentang dari mana asal usul Sang Ratu tersebut, dan mengapa dia berada di Cybertron padahal pada prekuel terakhirnya penonton sudah disuguhkan informasi tentang kehancuran planet tersebut sebagai planet yang hingga kini seharusnya dikenal sebagai planet yang nol kehidupan.Â
Masih menjadi misteri pula, apakah Sang Ratu adalah sosok pencipta sesungguhnya yang dimaksudkan oleh pemimpin Autobots sebagai 'sang pencipta'. Ditambah lagi, terdapat ketidakjelasan visi dari Sang Ratu tersebut dalam film ini. Manakah yang benar, apakah dia sungguh-sungguh ingin menyelamatkan Cybertron atau hanya semata ingin membangkitkan Unicron ? Pada film tersebut, dijelaskan Sang Ratu sudah memburu tongkat tersebut sejak itu disembunyikan dibumi pada masa peperangan abad pertengahan disana.Â
Hal tersebut sungguh merusak aspek kronologis sejarah kehancuran planet Cybertron, bahwa mana yang benar, apakah Cybertron hancur sejak dahulu ketika Bumi masih didominasi oleh perang, atau pada masa milenial ? Jika kita jatuh pada pilihan kedua, apakah mungkin perang di bumi dan di Cybertron adalah peristiwa yang terjadi disaat yang bersamaan ? Hal tersebut menjadi sebuah misteri. Â Â
Di bagian pertengahan film, penonton kembali dibuat pusing, karena lagi-lagi Michael Bay (terbilang) gagal dalam merangkai plot. Memang plot yang bercabang bisa menjadi nilai plus dalam keapikan jalan cerita sebuah film dan mengambil andil yang cukup penting dalam menentukan ending dan klimaksnya.
Tetapi dalam film ini, semua itu hanya membuat keadaan semakin kacau. 'penjahitan' plot yang terlihat begitu dipaksakan dan berantakan, membuat penonton bingung pada bagian mana mereka harus menempatkan fokus perhatian. Penonton harus memutar otak berkali-kali agar bisa menemukan continuity antara satu permasalahan dengan permasalahan lainnya. Ditambah lagi, penokohan yang ada begitu 'sembarangan', di mana masing-masing porsi penyajiannya tidak terlalu terukur dengan baik
Pada bagian awal, film ini menyuguhkan keberanian anak kecil yang menjelajahi wilayah yang menjadi sarang bangkai alien (Tranformers). Karena itu adalah poin yang cukup menambah keepikan film ini, sangat disayangkan sekali bagian tersebut (dipaksakan) hilang begitu saja pada pertengahan film, kemudian dengan cara yang begitu tidak normalnya salah satu karakter anak-anak tersebut muncul kembali pada bagian akhir film.Â
Hal tersebut sungguh-sungguh merusak klimaks alur yang ada. Humor-humor yang kurang 'senonoh' layaknya humor pada prekuel sebelumnya menambah daftar kekurangan film ini. Dan satu lagi.... kehadiran lima alien kuno yang bergabung menjadi seekor naga? Keanehan semakin terasa di sini.
Ada satu karakter yang cukup berperan penting dalam jalannya film disini, yakni TRF sebuah organisasi semi-militer dibawah payung pemerintah langsung yang memburu para Transformers. Penulis cukup mengapresiasi kehadiran mereka, karena seperti yang diketahui, pada prekuel terakhirnya eksistensi Transfomers menjadi sesuatu yang ilegal --dan Michael Bay masih memperhatikan hal tersebut. Jadi, pada bagian ini, continuity, yes. Tetapi yang masih menjadi ambigu adalah fungsi sesungguhnya dari keberadaan mereka.Â
Pada bagian awal, terlihat prioritas utama sasaran mereka adaalah Decepticons, yang di mana hal tersebut terlihat ketika mereka mengundurkan diri dan membatalkan misi ketika bertemu secara langsung tatap muka dengan para Autobots, dan memperoleh ancaman langsung oleh salah satu dari mereka, Hound.Â
Sungguh sangat bertentangan, ternyata pada bagian pertengahan film, TRF malah berbalik memburu mereka, dengan memposisikan diri mereka untuk berkerja sama dengan Decepticons, dengan asumsi keuntungannya yakni: TRF akan menemukan Autobots dan Decepticons akan memperoleh tongkat Quintesa, yang di mana hal itu jelas mengancam keselamatan bumi sendiri.Â
Di sinilah keberpihakan TRF menjadi samar-samar, manakah yang benar, apakah mereka pro dengan Autobots, pemerintah atau Decepticons, atau bahkan kontra terhadap ketiganya demi keuntungan semata ?