Sejak dirilisnya istilah Islam Nusantara, tidak dapat dinafikan berbagai komentar telah bermunculan terutama melalui medsos. Ada yang pro dan banyak juga yang kontra terhadap istilah itu.
Istilah Islam Nusantara datang dari tokoh tokoh NU dan kemudian oleh ormas terbesar itu telah diangkat secara resmi sebagai thema pada Muktamar NU ke 33 di Jombang, Jawa Timur awal Agustus 2015.
Muktamar tersebut mengangkat thema : "Meneguhkan Islam Nusantara Untuk Membangun Peradaban Indonesia dan Dunia".
Pada pembukaan Muktamar dimaksud, Presiden Jokowi juga membicarakan tentang thema Muktamar dimaksud.
Presiden Jokowi antara lain menyatakan ," Saya apresiasi thema besar NU. Saya mendorong thema ini dimaknai secara positif".
Selanjutnya Presiden menyatakan, tema ini menunjukkan NU sebagai ormas yang merupakan poros bangsa Jokowi juga mengemukakan bahwa "Islam Nusantara" memperlihatkan warga NU sebagai sumber kedamaian dan keadilan. Lebih lanjut Kepala Pemerintahan kita itu mengatakan, NU telah mampu mewujudkan Islam yang moderat ,karenanya kita harus berterima kasih pada Kyai Hasyim yang telah mengembangkan Islam moderat.
Pada poin ini ada 2 hal yang layak dicatat.
Pertama istilah Islam Nusantara resmi berasal dari NU dan telah dijadikan sebagai thema pada Muktamar di Jombang. Kedua, untuk pemerintah istilah Islam Nusantara ini tidak ada masalah dan Presiden juga telah, menyampaikan pujiannya terhadap terminologi ini.
Karenanya tidak salah lah kalau menyimpulkan ,patut diduga kritik atau komentar miring tentang Islam Nusantara sengaja atau tidak sengaja memang ditujukan kepada NU.
Kalau dicermati pesan yang ingin disampaikan NU tentang Islam Nusantara ini ialah ,adanya kaitan yang erat antara nilai-nilai Islam yang berinteraksi dengan nilai atau budaya lokal yang ada di negeri ini. Dengan interaksi yang demikian hadirlah sebuah masyarakat Islam di Nusantara yang berbeda dengan masyarakat Islam yang ada di negeri lain.
Perlu digaris bawahi yang dikemukakan itu adalah tentang masyarakat Islam bukan tentang ajaran Islam yang berbeda .NU tidak pernah mengatakan adanya perbedaan ajaran Islam di Nusantara dengan ajaran Islam di negeri lain .NU mengakui dan menyadari bahwa ajaran Islam itu bersifat universal yang berlaku sama diseluruh belahan dunia ini.
Ketua Umum PB NU ,Said Aqil Siroj memberi pengertian yang tepat tentang apa yang dimaksud dengan terminologi itu.
"Islam Nusantara bukan agama baru, bukan juga aliran baru. Islam Nusantara adalah pemikiran yang berlandaskan sejarah Islam yang masuk ke Indonesia tidak melalui peperangan ,tapi kompromi terhadap budaya" Hal ini diucapkan oleh Ketua Umum PB NU itu pada 4 Juli 2015( detiknews,26/7/2018).