Said Aqil juga menjelaskan, Islam Nusantara tak mungkin menjadikan orang berubah  radikal, Tradisi Islam Nusantara tidak mungkin menjadikan orang radikal. Tidak mengajarkan membenci,membakar atau bahkan membunuh.
Dalam penjabaran tentang Islam Nusantara ini NU selalu mengaitkan keislaman dengan semangat  kebangsaan. KH Wahab Chasbullah, salah seorang pendiri NU antara lain mengatakan, cinta tanah air merupakan bahagian dari iman.
Dengan demikian sejak awal NU telah menegaskan bahwa mencintai Indonesia merupakan kewajiban bagi seorang muslim.
Sejalan dengan mencintai tanah air itulah pada 22 Oktober 1945 ,pendiri NU Hadratus Syeikh KH Hasyim Asy'ari mengeluarkan fatwa yang isinya wajib hukumnya bagi seorang muslim untuk memerangi penjajah.Fatwa itu dikeluarkan sehubungan dengan masuknya tentara Sekutu ( Inggris) di Surabaya. Didalam pasukan sekutu itu ikut membonceng pasukan Belanda yang disebut NICA yang punya agenda ingin kembali menjajah Indonesia.
Fatwa Hadratussyeikh Hasyim Asy'ari itu telah mampu menggelorakan semangat mempertahankan kemerdekaan yang kemudian terjadilah pertempuran yang heroik di Surabaya pada 10 November 1945.Pertempuran yang heroik itu telah mampu menewaskan komandan pasukan Sekutu, Jenderal Mallaby.
Kemudian hari bersejarah di Surabaya itu kita sebut sebagai Hari Pahlawan dan fatwa ulama karismatik itu dinamakan Resolusi Jihad yang kemudian oleh pemerintahan Jokowi dinyatakan sebagai Hari Santri Nasional.
Oleh karena NU selalu mengaitkan cinta tanah air,cinta Indonesia yang diformulasi dalam terminologi Islam Nusantara maka muncul pertanyaan di hati saya.
Melirik perkembangan belakangan ini dalam halmana mengemuka keinginan oleh sebahagian kelompok ummat Islam yang ingin menerapkan sistim Khilafah di negeri ini.
Sepanjang yang saya pahami sistim ini ingin mewujudkan satu sistim kekhalifahan di dunia Islam. Akan ada seorang khalifah yang memerintah negeri negeri Islam dan dimasing masing negeri atau negara ada yang disebut Amir sebagai wakil dari Khalifah.
Terhadap konsep dan perjuangan yang demikian ,jelaslah Islam Nusantara merupakan penghalang besar untuk cita cita yang demikian.
NU mengakui bahkan ikut mempertahankan tetap tegaknya Negara Kesatuan Republik Indonesia dan menolak konsep negara Islam.
Terminologi Islam Nusantara sesungguhnya merupakan penghalang terbesar untuk terwujudnya sistim khilafah itu. Berkaitan dengan hal tersebut maka pertanyaan yang muncul di hati saya itu berbunyi,jangan jangan serangan yang ditujukan kepada NU dan Islam Nusantara justru berasal dari mereka yang menginginkan tegaknya khilafah di negeri ini.
