Pada 6 September 1950, atas tuduhan upaya percobaan menyelundupkan dokumen ilmu rahasia negara, Qian ditahan disini. Qian sengaja dikunci di kamar sel tunggal oleh penyidik untuk mencegah agar tidak bvisa berbicara kepada siapapun, dan menjadi sasaran penyiksaan yang tidak manusiawi.
Sehingga hanya memalui jendela teruji kamar tahanan saja Qian bisa membuktikan dirinya masih hidup di dunia dengan masih bisa melihat cahaya kota yang terpancar dari Los Angles.
Fasilitas tahanan khusus ini diperuntukan imigran gelap dari Meksiko. Untungnya otoritas immgrasi mempunyai ras belas kasihan tidak mengurung Qian para imigran gelap, tapi dikurung di satu sel dengan toilet. Tetapi yang sangat mengerikan di malam hari, setiap tiga menit cahaya lampu akan mati hidup (kedap-kedip) sekali di ruangan ini, yang membuat orang tidak dapat tidur sama sekali. Karena siksaan ini, Qian kerusakan fisik dalam 13 hari ditahanan kehilangan berat badan 13 pund (6,5 kg).
Kabar atas penangkapan Qian dengan cepat disebarkan oelah “The New York Times” Lee DuBridge dariCaltech dan tutor Theodore vaon Karman menggalang dana 15.000 USD untuk menbus Qian keluar dari penjara.
Pada hari kedua, maksud saya hari ke-13, ketika kita menyemputnya, dia hanya berkata satu patah mendeha saja. Bahkan kepada saya, dia tidak mengatakan satu kata pun. Dia tidak bisa berbicara. Saya mengatakan kepadanya bahwa kami akan pulang. Anak-anak baik-baik saja. Tapi dia releks diam saja, dia hanya menganggukkan kepala. Saya mendapati dia tidak bisa bicara. Dalam 13 hari kehilangan berat badan 13 pound. Dia kehilangan 1 pound per hari. Dia menjadi terlalu lemah.”
Qian secara bertahap pelahan-lahan mulai mampu berbicara kembali setelah keluar dari penjara. Tapi dia tidak mendapatkan kebebasan yang sesungguhnya. Setelah melalui dengar pendapat berulang-ulang satu demi satu yang menlelahkan dan menyiksa. Akhirnya diberi keputusan aneh dan tidak masuk akal dalam sejarah Amerika.
Di satu sisi, Qian dituduh bersimpati kepada Komunis dan dijatuhi hukuman diusir dari AS; di sisi lain karena dia menggengam banyak pengetahuan rahasia, dia tidak di-izinkan meninggalkan AS.
Menurut dokumen Immigrasi dan Naturaisasi dari Departemen Kehakiman AS yang bisa dibaca kemudian, mencatat situasi nyata dari laporan bulanan Qian dari 1953 hingga 1955. Dapat dibaca pencatatan kebebasannya, survaeillace/pantauan, pelacakan penuh dengan penghinaan dan ketidak-berdayaan dalam periode panjang kehidupan dibawah tahanan rumah.
Dalam surat kepada seorang teman Amerikanya, Qian dengan tanda seru kesedihan menuliskan “Apakah kamu percaya ada keadilan dan itikad baik di dunia?” Dalam Perpustakaan Qian di Universitas Jaiaotong di Shanghai masih banyak catatan dan peninggalan foto-foto yang bisa kita lihat disana.
Kisah Qian Pergi ke AS Kuliah