Kereta Api Mutiara Timur adalah kereta api tertua yang masih dioperasikan oleh Kereta Api Indonesia (KAI) Daerah Operasional (Daop) 9 Jember. Sejak 6 Maret 1972 hingga saat ini, kereta api kebanggaan warga Daop 9 Jember ini masih aktif beroperasi walaupun tidak reguler.
Lima puluh tahun yang lalu, Kereta Api Mutiara Timur untuk pertama kalinya beroperasi dengan rute Surabaya-Banyuwangi dan sebaliknya. Pada awalnya, kereta api ini menawarkan layanan kelas bisnis dan ekonomi.
Kemudian di tahun 1996, layanan kereta api ini ditingkatkan menjadi kelas eksekutif dan bisnis. Sekitar 15 Desember 2018, Kereta Api Mutiara Timur mulai menggunakan rangkaian baja nirkarat produksi Industri Kereta Api (INKA) tahun 2018 dan melayani kelas eksekutif dan ekonomi premium.
Sejak 10 Februari 2021 dengan berlakunya Grafik Perjalanan Kereta Api (Gapeka) 2021, Kereta Api Mutiara Timur diperpanjang rutenya menjadi Banyuwangi-Yogyakarta. Kemudian pada akhir Maret 2022, layanan kereta api ini diturunkan menjadi kelas eksekutif dan ekonomi plus.
Kereta Api Mutiara Timur hingga dekade 2000-an terkenal dengan keunikan layanannya yang mampu mengantarkan penumpangnya hingga Denpasar, Bali. Bekerja sama dengan DAMRI, kereta api ini menawarkan layanan lanjutan bagi penumpang yang akan menuju ke Pulau Dewata.
Penumpang dengan tiket perjalanan sampai Denpasar dapat menggunakan Kereta Api Mutiara Timur hingga Stasiun Ketapang (dulu Banyuwangi Baru). Selanjutnya, akan ada bus milik DAMRI yang siap menunggu di halaman stasiun untuk melanjutkan perjalanan hingga Kota Denpasar.
Selain layanan tersebut, Kereta Api Mutiara Timur juga pernah memiliki rute akhir hingga Stasiun Surabaya Pasar Turi. Pada penerapan Gapeka 2019 per 1 Desember 2019, 2 perjalanan kereta api (nomor 184 dan 185) ini dimulai dan diakhiri di Stasiun Surabaya Pasar Turi. Adapun 2 perjalanan yang dimaksud adalah perjalanan malam dari Banyuwangi-Surabaya dan perjalanan pagi dari Surabaya-Banyuwangi.
Terdampak penyebaran pandemi Covid-19, perjalanan Kereta Api Mutiara Timur akhirnya dihentikan untuk sementara waktu. Perjalanannya dibatalkan dan tidak pernah beroperasi selama sisa berlakunya Gapeka 2019.
Pada penerapan Gapeka 2021, Kereta Api Mutiara Timur mengalami perpanjangan relasi dari awalnya Ketapang-Surabaya Gubeng/Pasar Turi pp menjadi Ketapang-Yogyakarta pp. Kereta api ini dijadwalkan beroperasi secara reguler dengan nomor perjalanan 179-182.
Dengan mulai diberlakukannya vaksinasi dan dilonggarkannya perjalanan kereta api, satu per satu perjalanan kereta api di Daop 9 Jember juga mulai beroperasi reguler. Namun, tidak dengan Mutiara Timur. Meskipun dijadwalkan reguler pada Gapeka 2021, faktanya kereta api ini rasanya hanya seperti fakultatif (tambahan) saja dan terkesan mati suri.