Mutiara Timur hanya beroperasi pada saat-saat tertentu saja, seperti akhir pekan atau jika diumumkan saja oleh layanan pelanggan (CS) KAI melalui media sosial. Bahkan, seperti dijelaskan di awal, rangkaian baja nirkarat juga digantikan rangkaian biasa dengan kelas eksekutif dan ekonomi plus.
Hal tersebut mengindikasikan bahwa perpanjangan relasi perjalanan kereta api ini tidak menguntungkan secara ekonomi. Jumlah penumpang yang diangkut tidak sesuai dengan target KAI sehingga pada akhirnya kereta api kebanggan warga Daop 9 Jember ini pun akhirnya menganggur dan mati suri.
Pada awalnya, perpanjangan rute Kereta Api Mutiara Timur diharapkan mampu mendorong wisatawan dari Yogyakarta menuju Bali (lewat Banyuwangi), begitu pula sebaliknya. Namun harapan ini akhirnya tidak terwujud hingga sekarang dan bahkan banyak pengguna kereta api yang melayangkan protes untuk mengembalikan jadwal perjalanan kereta api ini.
Kegagalan Kereta Api Mutiara Timur dalam menjangkau target pasar ini setidaknya disebabkan oleh beberapa hal. Pertama, jadwal perjalanannya yang kurang sesuai dengan permintaan pelanggan. Kedua, tarifnya yang relatif lebih mahal dibandingkan kereta api lain dengan rute serupa.
Mengenai jadwal perjalanan, sejak diberlakukannya Gapeka 2021, Mutiara Timur hanya memiliki 2 jadwal perjalanan saja dalam sehari. Dari Banyuwangi (Stasiun Ketapang) diberangkatkan pada pukul 17.30 WIB dan dari Yogyakarta diberangkatkan pada pukul 20.05 WIB.
Sebelumnya, Mutiara Timur memiliki 4 jadwal perjalanan dalam sehari. Dua perjalanan dari Banyuwangi pada pagi dan malam, serta 2 perjalanan dari Surabaya pada pagi dan malam.
Jadwal kereta api ini sebelumnya bisa dibilang cukup enak bagi pengguna kereta api baik dari Banyuwangi maupun Surabaya. Tidak terlalu pagi dan tidak terlalu malam. Umumnya, Mutiara Timur pagi diberangkatkan antara pukul 8-9 pagi dan Mutiara Timur malam pada pukul 22-23 malam.
Pelanggan dibebaskan memilih perjalanan. Apakah ingin melakukan perjalanan pada pagi-siang hari ataukah ingin bisa beristirahat selama perjalanan dengan perjalanan malam hari.
Waktu perjalanan kereta api ini juga relatif cepat pada saat itu, sekitar 6 jam 30 menit. Waktu tempuh yang cepat dan layanan kelas yang ternyaman saat itu menjadi nilai tambah bagi Mutiara Timur.
Di samping itu, jadwal kedatangan Mutiara Timur baik di Surabaya maupun di Banyuwangi, bisa dibilang sangat cocok. Mutiara Timur tiba di Banyuwangi masing-masing sekitar pukul 4 pagi dan 3 sore.
Jadwal kedatangan pagi cocok bagi pelanggan yang akan langsung beraktivitas pada pagi hari. Ada jeda waktu yang pas untuk mandi, sarapan, dan beraktivitas. Selain itu, jam tersebut mempermudah pelanggan yang masih akan menggunakan transportasi lanjutan seperti angkutan kota (angkot) atau taksi.
