Kekurangan-kekurangan tersebut di antaranya adalah jumlah energi yang dihasilkan relatif sedikit, teknologi yang masih dikembangkan, dan kinerjanya yang sangat dipengaruhi oleh faktor lingkungan. Akan tetapi, melihat potensinya dalam menghasilkan energi alternatif yang terbarukan dan ramah lingkungan, kekurangan-kekurangan tersebut tampaknya tidak akan menjadi hambatan berarti dalam pengembangan teknologi-teknologi ini.
Di Indonesia, pengembangan Microbial Electrochemical System (MES) dalam skala besar belum terlalu terlihat, karena pemanfaatan bakteri sebagai penghasil listrik ini belum dikembangkan dalam skala besar.Â
Sistem ini hanya berpotensi menghasilkan listrik skala kecil rumahan, namun minat terhadap teknologi ini semakin meningkat sebagai solusi untuk tantangan energi dan permasalahan lingkungan.Â
Mengingat energi listrik yang saat ini kebanyakan berasal dari bahan bakar fosil dan menghasilkan berbagai emisi bagi lingkungan sehingga potensi MES ini perlu dikembangkan lebih lanjut dan diteliti agar lebih efisien dalam menghasilkan listrik.
