Pukul 02.30, 31 Maret, Kopassandha bersenjata mendekati pesawat secara diam-diam. Mereka merencanakan agar Tim Merah dan Tim Biru memanjat ke sayap pesawat dan menunggu di pintu samping. Semua jendela pesawat telah ditutup. Tim Hijau akan masuk lewat pintu belakang. Semua tim akan masuk ketika kode diberikan.
Pada pukul 02.43, Tim Thailand ikut bergerak ke landasan, menunggu di landasan agar tidak ada teroris yang lolos. Kode untuk masuk diberikan, ketiga tim masuk, dengan Tim Hijau terlebih dahulu, mereka berpapasan dengan seorang teroris yang berjaga di pintu belakang.
Teroris tersebut menembak dan menewaskan Achmad Kirang, salah seorang anggota Tim Hijau di bagian bawah perut yang tidak terlindungi. Teroris tersebut kemudian ditembak dan tewas di tempat. Tim Biru dan Tim Merah masuk, menembak dua teroris lain, sementara penumpang menunduk. Para penumpang kemudian disuruh keluar.
Seorang teroris dengan granat tangan tiba-tiba keluar dan mencoba melemparkannya tetapi gagal meledak. Lalu anggota tim menembak dan melukainya sebelum dia sempat keluar. Teroris terakhir dinetralisir di luar pesawat.
Teroris juga menembak pilot pesawat, Kapten Herman Rante, yang tewas beberapa hari kemudian di RS Bangkok. Sedangkan pemimpin kelompok Islam ekstremis Komando Jihad, Imran bin Muhammad Zein yang selamat dalam peristiwa baku tembak tersebut berhasil ditangkap oleh Satuan Para Komando Kopassandha.
[caption caption="Operasi Pembebasan Sandera DC-9 Garuda Woyla, Don Mueang, Thailand, oleh Kopassandha (Foto: indocropcircles.com)"]
Imran selaku otak peristiwa pembajakan pesawat DC-9 ini kemudian dijatuhi hukuman mati oleh Pengadilan Negeri Jakarta Pusat. Imran merupakan salah seorang yang terlibat dalam Peristiwa Cicendo bersama 13 orang lainnya.
[caption caption="Imran bin Muhammad Zein, Pemimpin Kelompok Islam Ekstremis Komando Jihad (Foto: apasih.com) "]
Operasi kontra terorisme pembebasan sandera yang hanya 81 detik itu sukses besar. Operasi inilah yang menempatkan Kopassus sebagai pasukan elite terkuat ketiga dunia setelah SAS (Inggris) dan Mossad (Israel).
Sewaktu Indonesia memutuskan untuk melakukan operasi militer di Thailand, Kerajaan Thailand sebagai tuan rumah awalnya menolak militer asing beroperasi di wilayah kedaulatan negara mereka, karena itu melanggar UU dalam negeri mereka. Tapi dua jenderal yang memimpin operasi ini, yakni Jenderal LB Moerdani (Wakil Kepala BAKIN saat itu) dan Jenderal Yoga Sugama ngotot, kabarnya sampe gebrak-gebrakan meja dengan jenderal Thailand. Akhirnya Thailand mau mengizinkan operasi prajurit Kopassandha itu dengan syarat pasukan Thailand ikut serta sebagai pasukan penjaga perimeter bandara.
Mengenai Jenderal LB Moerdani, setelah mendapat perintah langsung dari Presiden Soeharto setelah meyakinkan presiden bahwa para pembajak seharusnya tidak diperbolehkan untuk mengintimidasi pilot pesawat untuk terbang ke negara-negara lain, berangkat bersama prajurit Kopassandha ke Don Mueang.
