Tidak hanya itu, koleksi wayang di Museum Sonobudoyo sangat lengkap. Terdapat wayang dari Solo, wayang-wayang kisah Walisongo, wayang wahyu yang bersumber dari Alkitab, dan wayang kancil dari Sunan Giri.Â
Berikutnya adalah wayang golek yang terbuat dari kayu, wayang klitik paduan kayu dan kulit yang menunjukkan wayang-wayang Mahabharata dan Pandawa Lima, lalu wayang zaman perjuangan.
Ruang Topeng
Di Ruang Topeng, tersaji berbagai topeng wajah manusia yang tidak sempurna. Kemudian topeng menari dari Bali, Yogyakarta, Madura. dan Cirebon yang masing-masing memiliki karakternya sendiri. Semuanya berbahan kayu. Sayang sekali, pengunjung tidak dapat menggunakan topeng-topeng ini.
Ruang Jawa Tengah
Di ruang Jawa Tengah atau ruang ukir ini, menampilkan beragam ukiran dari Jepara, seperti Rono sebagai penyekat ruangan dan gebyok yang sangat lebar. Di tengah ruangan ada maket rumah adat tradisional Jawa. Seperti ciri khasnya, rumah Jawa terdiri dari pendop, senthong (ruangan) tengah, kiri, dan kanan. Berkebalikan dengan rumah Bali yang selalu terdapat ruang doa di depan, di Jawa, kandang di letakkan di depan sebagai lambang kekayaan. Barulah ruang berdoa seperti pasren berada di dalam rumah. Lalu nampak kamar mandi juga di depan karena tradisi orang Jawa harus bersih-bersih dulu sebelum memasuki rumah. Kemudian di belakang terdapat lumbung padi.
Ruang Senjata
Di ruang senjata ini, tersimpan beragam senjata yang pernah digunakan sejak zaman dahulu seperti keris, tombak, clurit, pisau, dan panah. Di sini juga ada miniatur meriam, sementara meriam yang asli ada di depan museum.Â