Perbedaan inilah yang berakibat kepada adanya disparitas pengelolaan yayasan perguruan tinggi yang berimplikasi kepada transparansi pengelolaan keuangan kampus, yayasan pendidikan tinggi yang profesional akan transparan mengenai pengelolaan keuangan.
Bahkan, sirkulasi keuangan akan diaudit oleh akuntan publik untuk kemudian dipertanggungjawabkan di forum resmi kampus, seperti di rapat senat.
Begitupun sebaliknya dengan yayasan yang bersifat tertutup. Maka jangan harapkan adanya transparansi keuangan kampus, apalagi adanya akuntan publik untuk mengaudit sirkulasi keuangan kampus yang hasilnya dapat dipertanggung jawabkan di forum akademik.
Kedua, ada "hak" Yayasan Perguruan Tinggi dalam Penyelenggaraan Kampus.
Kehadiran Yayasan Perguruan Tinggi dalam pengelolaan kampus berimplikasi kepada adanya "hak" dalam penyelenggaraan perguruan tinggi, yang mana lagi-lagi akan ditentukan oleh nilai organisasi yang dianut oleh yayasan tersebut, bagi yayasan yang bersifat profesional mereka sudah mampu memisahkan antara kegiatan yayasan dan kegiatan kampus.
Namun bagi yayasan yang pengelolaannya tidak profesional, tidak hanya turut campur dalam penyelenggaraan kegiatan kampus, bahkan pejabat-pejabat kampus merupakan "boneka" yayasan yang dalam melaksanakan kegiatan kampus menjalankan apa yang jadi keinginan yayasan tersebut.Â
Ketiga, Setoran "jatah" bagi Yayasan Perguruan Tinggi.Â
Lancarnya kegiatan yayasan akan turut dibiayai oleh uang dari perguruan tinggi yang berada di bawah pengelolaannya. Ada yayasan yang menjadikan kampus sebagai sumber "rezeki", sehingga setiap pungutan yang dilakukan kepada mahasiswa akan dipotong sebagai "uang sumbangan yayasan", termasuk di dalamnya uang untuk kegiatan wisuda, sehingga uang yang dibayarkan mahasiswa untuk suatu kegiatan kampus tidak sepenuhnya diperuntukan untuk membiayai pelaksanaan kegiatan tersebut.Â
Menjadi masalah kemudian yaitu, besaran "jatah" yang diambil yayasan, yang mana ada yayasan yang mengambil jatah "sedikit", namun ada juga yayasan yang mengambil jatah "banyak" dan "sangat banyak", sehingga iuran dari kegiatan kampus yang harus dibayar menjadi tidak rasional.
Yayasan perguruan tinggi yang profesional, lagi-lagi akan dapat mempertanggung jawabkan penggunaan uang yayasan tersebut, bahkan akan memberikan kembali uang yang telah "ditarik" dari mahasiswa dalam bentuk pemberian sarana prasarana dan layanan kampus bagi mahasiswa.
Tapi, bagi yayasan yang tidak profesional, besarnya uang yang telah ditarik tidak akan kembali ke mahasiswa, ia akan mengalir tanpa diketahui ujung pangkalnya.
