Museum Negeri Sonobudoyo juga tercatat sebagai museum terbesar kedua di Indonesia berdasarkan jumlah koleksinya. Museum ini menampilkan lebih dari 43.000 koleksi yang berkaitan dengan sejarah dan kebudayaan Jawa. Sesuai dengan slogan mereka "Ana, Anjaga, Ambudhaya" yang berarti “Sonobudoyo ada untuk menjaga dan merawat kebudayaan”
3. Museum Sandi
Di Kota Yogyakarta terdapat museum Kriptografi pertama dan satu-satunya di Indonesia, yaitu Museum Sandi. Museum Sandi juga tercatat sebagai salah satu dari tiga museum Kriptografi yang ada di dunia. Museum Kriptografi lainnya dapat kita jumpai di Belanda dan Amerika Serikat. Para pengunjung tidak perlu mengeluarkan uang untuk masuk ke Museum satu ini. Di Museum Sandi kalian juga bisa melihat Agresi Militer ke 2.
4. Museum Ullen Sentalu
Museum Ullen Sentalu dikelola Yayasan Ulating Blencong Yogyakarta. Di Museum Ullen Sentalu memiliki paket tur yang bisa dipilih oleh pengunjung yaitu Adiluhung Mataram dan Vorstenlanden. Tur Adiluhung Mataram, para pengunjung akan melihat sejarah Kerajaan Mataram Islam dan juga arca Hindu Budha serta koleksi etnografi pada masa Mataram Islam. Di Tur Vorstenlanden, para pengunjung akan melihat masa-masa kejayaan Kasultanan Yogyakarta, Kasunanan Surakarta, dan Kadipaten Pakualaman. Untuk tur sendiri para pengunjung dapat memilih untuk melakukan tur bebas atau ditemani oleh Kurator. Serta pengunjung yang melakukan tur melebihi dari 20 orang harus melakukan reservasi terlebih dahulu.
Kategori Museum Tipe B
Museum tipe B adalah museum yang memiliki dan juga menjalankan Visi-Misi museum. Museum dilengkapi dengan sumber daya manusia yang kompeten di bidangnya. Pengelolaan koleksi berupa pengadaan, pencatatan, penghapusan dan penyimpanan koleksi yang tepat. Tetapi museum tipe B masih harus mengembangkan sumber dana pendapatannya dan fasilitas yang dimiliki tidak selengkap museum tipe A.
Untuk Museum Tipe B yang ada di Yogyakarta ada di list di bawah ini :
