Setelah hari ke-4, turunkan suhu untuk mencegah kematian mikroorganisme dekomposer. Jaga suhu optimum pengomposan pada kisaran 45-60oC dan kelembaban pada 40-50%. Cara menjaga suhu adalah dengan membolak-balik kompos, sedangkan untuk menjaga kelembaban siram kompos dengan air. Pada kondisi ini penguapan relatif tinggi, untuk mencegahnya kita bisa menutup tumpukan kompos dengan terpal plastik, sekaligus juga melindungi kompos dari siraman air hujan.
Cara membalik kompos sebaiknya dilakukan sebagai berikut: angkat bak kayu, lepaskan dari tumpukan kompos. Lalu letakan persis disamping tumpukan kompos. Kemudian pindahkan bagian kompos yang paling atas kedalam bak kayu tersebut sambil diaduk. Lakukan seperti mengisi kompos di tahap awal. Lakukan terus hingga seluruh tumpukan kompos berpindah kesampingnya. Dengan begitu, semua kompos dipastikan sudah terbalik semua. Proses pembalikan sebaiknya dilakukan setiap 3 hari sekali sampai proses pengomposan selesai. Atau balik apabila suhu dan kelembaban melebihi batas yang ditentukan.
Apabila suhu sudah stabil dibawah 45oC, warna kompos hitam kecoklatan dan volume menyusut hingga 50% hentikan proses pembalikan. Selanjutnya adalah proses pematangan selama 14 hari.
Cepat atau lambatnya berlangsung proses pengomposan tergantung dari keadaan dekomposer dan bahan baku kompos. Pupuk kompos yang telah matang dicirikan dengan warnanya yang hitam kecoklatan, teksturnya gembur, tidak berbau.
Untuk memperbaiki penampilan dan agar bisa disimpan lama, sebaiknya kompos diayak dan di kemas dalam karung. Simpan pupuk kompos di tempat kering dan teduh.
Cara membuat kompos dengan metode anaerob biasanya memerlukan inokulan mikroorganisme (starter) untuk mempercepat proses pengomposannya. Inokulan terdiri dari mikroorganisme pilihan yang bisa menguraikan bahan organik dengan cepat, seperti efektif mikroorganime (EM4). Di pasaran terdapat juga jenis inokulan dari berbagai merek seperti superbio, probio, dll. Apabila tidak tersedia dana yang cukup, kita juga bisa membuat sendiri inokulan efektif mikroorganisme.
Bahan baku yang digunakan sebaiknya material organik yang mempunyai perbandingan C dan N tinggi (lebih dari 30:1). Beberapa diantaranya adalah serbuk gergaji, sekam padi dan kotoran kambing. Waktu yang diperlukan untuk membuat kompos dengan metode anaerob bisa 10-80 hari, tergantung pada efektifitas dekomposer dan bahan baku yang digunakan. Suhu optimal selama proses pengomposan berkisar 35-45oC dengan tingkat kelembaban 30-40%.
Berikut tahapan cara membuat kompos dengan proses anaerob.Siapkan bahan organik yang akan dikomposkan. Sebaiknya pilih bahan yang lunak terdiri dari limbah tanaman atau hewan. Bahan yang bisa digunakan antara lain, hijauan tanaman, ampas tahu, limbah organik rumah tangga, kotoran kambing, Â kecuali kotoran ayam karena bisa menyebabkan muculnya bakteri ecoli . Rajang bahan tersebut hingga halus, semakin halus semakin baik.
Siapkan dekomposer (EM4) sebagai starter. Caranya, campurkan 1 cc EM4 dengan  liter air dan 5 sendok teh tetes tebu (molase). Kemudian diamkan selama 24 jam.
Ambil terpal plastik sebagai alas, simpan bahan organik yang sudah dirajang halus di atas terpal. Campurkan serbuk gergaji pada bahan tersebut untuk menambah nilai perbandingan C dan N. Kemudian semprotkan larutan EM4 yang telah diencerkan tadi. Aduk sampai merata, jaga kelembaban pada kisaran 30-40%, apabila kurang lembab bisa disemprotkan air.
Siapkan tong plastik yang kedap udara. Masukan bahan organik yang sudah dicampur tadi. Kemudian tutup rapat-rapat dan diamkan hingga 3-4 hari untuk menjalani proses fermentasi. Suhu pengomposan pada saat fermentasi akan berkisar 35-45oC.