Pada tahun 1953, ia mulai dekat dengan Partai Komunis Indonesia. Harian Rakjat dibeli oleh PKI. Ia tidak saja menjadi kontributor tetap, tapi juga bergabung sebagai anggota Partai.
Kendati demikian, afiliasi politik yang dipilih Siauw, semuanya hanya bermuara ke satu hal. Membela komunitas Tionghoa dari diskriminasi, serta memperjuangkan hak kewarganegaraan bagi orang Tionghoa.
Baperki dibentuk pada tahun 1954 untuk melanjutkan perjuangan Siauw bagi warga Tionghoa. Dengan cepat, jumlah anggotanya mencapai 300.000 orang.
Cita-cita perjuangan terbesarnya adalah menjadikan suku Tionghoa sebagai salah satu suku yang diakui di Indonesia. Dengan demikian, kebudayaan leluhur dapat tetap terjaga.
**
Giat Baperki meluas hingga ke Pendidikan, ratusan sekolah di seluruh negeri menjawab tantangan atas larangan Kabinet Djuwanda yang tidak memperbolehkan orang asing (Tionghoa) menuntut ilmu di sekolah asing (sekolah China).
Salah satu karya terbesarnya adalah dengan membangun Universitas Res Publica (UNRECA) pada tahun 1960.
Baca juga: Res Publica, Universitas Tionghoa yang Tertuduh PKI, kini Trisakti.
Baperki di bawah pimpinan Siauw Giok Tjhan benar-benar menunjukkan tajinya. Pada tahun 1955, ia mendapatkan satu kursi di Parlemen dengan 180.000 suara, kendati bukan organisasi politik.
Pada tahun peristiwa 1965 melanda negara, Baperki dituduh sebagai antek PKI dan menjadi sasaran pembubaran militer.
Padahal menurut Asvi Warman Adam, sejarawan dari LIPI, secara resmi hanya satu ormas PKI, yaitu Pemuda Rakjat. Sementara Baperki, sama dengan Gerwani, dan Lekra, hanyalah tuduhan yang dilayangkan oleh pemerintah Orde Baru.
