Ita ditemukan terbunuh di dalam kamar tidur rumahnya sendiri. Darahnya berceceran di mana-mana. Tubuhnya dalam keadaan telanjang. Lehernya hampir putus, dan kemudian di duburnya tertancap kayu pasak.
Sebelum dibunuh, Ita diduga diperkosa di dalam kamarnya sendiri. Dari hasil visum, di tubuh Ita ditemukan 10 luka tikaman. Biadab!
Ita adalah martir. Ia dibunuh, karena diduga sebagai tokoh kunci pengungkapan kasus perkosaan Mei 98. Ada pihak yang tak ingin itu terjadi.
TGPF yakin jika kasus pembunuhan kejam terhadap Ita adalah murni politis. Tapi, aparat intel dan polisi berkata berbeda.
Romo Sandyawan bersaksi pada saat tiba di RSCM, tempat jenasah Ita berada;
"[...] Tubuh Ita sudah dijahit sejak di TKP. Kamarnya sudah ditata oleh intel. Jenasah sudah dikenakan kaos hitam. Dengan mudah menuduh pelakunya sebagai seorang yang biasa melakukan sodomi. [...].
Pihak kepolisian pun dengan cepat menyimpulkan bahwa Ita dibunuh oleh Suryadi, tetangganya sendiri. Suryadi dideskripsikan sebagai seorang pecandu narkoba yang hendak merampok rumah Ita.
Namun, di mana rumah Suryadi hingga bagaimana nasibnya, tidak ada yang mengetahuinya. Bahkan media pun tak banyak mengungkap kejadian tersebut. Kasus Ita pun di-SP3 kan, dan dianggap sebagai kriminal murni.
Sejak saat itu, tim TGPF dan saksi lainnya tahu bahwa kejadian Ita adalah bentuk teror nyata dari sekelompok orang yang sangat berbahaya di negeri ini.
Beberapa bulan setelah kasus pembunuhan Ita, adalah Bernadinus Realino Norma Irawan, rekan satu tim Ita di tim pencari fakta. Ia tewas ditembak di halaman depan kampusnya, Atma Jaya pada tanggal 13 November 1998. Kasusnya juga "hilang" begitu saja.
