Walaupun demikian, Soeharto juga sering membantah bahwa Soedjono adalah guru spiritualnya. Menurutnya, ilmu kebatinannya tak kalah dengan Soedjono. Seperti yang dikutip dari buku "Soeharto: Pikiran, Ucapan, dan Tindakan Saya. (1989:441-442)"
"Saya mendengar orang-orang mengatakan bahwa ia mengetahui ilmu mistis lebih dari saya, namun Djono dulu sering sungkem ke saya. Dia menganggap saya sebagai senior yang mempunyai lebih banyak mengetahui soal mistis."
"Saya hanya mendengarnya agar dia bahagia, namun tidak saya anggap semua yang dia katakan. Saya menganalisis dan berpikir mengenai hal tersebut apakah masuk akal atau tidak. Jika masuk akal, masuk nalar, maka saya menerimanya. Jika tidak, saya tidak akan mengikuti nasihatnya. Jadi bagi siapa yang berpikir bahwa Djono adalah guru mistis saya, maka dia salah."
Pendiri CSIS.
Jangan mengira jika Soedjono tidak lebih dari seorang pengusaha, dan dukun semata. Di balik gayanya yang eksentrik, ternyata ia juga memiliki otak strategis yang bagus.
Bersama Ali Moertopo, Ia termasuk dalam jajaran Jenderal yang menggagas pendirian Centre for Strategic and International Studies (CSIS), meskipun peranannya tidak jauh-jauh juga dari mencari dana untuk menghidupkan lembaga pemikir ini.
Beliau wafat pada tanggal 12 Maret 1986, beliau dimakamkan denga proses upacara militer yang ditayangkan di TVRI, dan Soeharto beserta ibu Tien juga ada disana.
Terlepas dari kedekatannya dengan Soeharto, tidak satupun keluarganya yang masuk dalam pemerintahan di era Soeharto. Soedjono memiliki seorang saudara, yakni Sardjono Hoemardani, bekas tokoh Partai Murba, Jawa Tengah dan juga Soedijono Hoemardani, seorang tokoh tari di Jawa Tengah.
Satu-satunya keluarganya yang berkiprah di politik dengan jabatan yang bagus adalah menantunya, yaitu mantan Gubernur Jakarta, Fauzi Bowo.
Sejarah selalu menorehkan orang hebat diantara orang hebat. Meskipun nama Soedjono Hoemardani tidak setenar para pelaku sejarah lainnya, namun peranannya di era Soeharto terbukti sangat berpengaruh, khususnya di bidang yang tidak dapat dilihat secara kasat mata.
SalamAngka
Rudy Gunawan, B.A., CPS