Namun, proses pembelajaran secara daring ini memunculkan masalah baru seperti tidak efektifnya proses belajar mengajar yang dilakukan. Kemudian adanya keterbatasan media pembelajaran dan sumber ilmu pada siswa seperti tidak memiliki telepon genggam, Komputer (PC) dan sebagainya sebagai sarana belajar, tidak memilikinya kemampuan penggunaan sarana pembelajaran yang benar, tidak adanya ketersediaan jaringan internet yang memadai hingga tidak adanya biaya dalam pembiayaan pendidikan dalam metode daring ini. Masalah ini muncul dengan tidak seimbangnya metode pembelajaran yang pilih oleh guru, kebijakan pemerintah yang kurang maksimal, hingga tidak mampunya siswa dalam menjalani proses pembelajaran secara daring.
Metode pembelajaran seperti ini menimbulkan masalah baru bagi dunia pendidikan. Sejatinya pendidikan ditempuh dengan metode tatap muka kini beralih menjadi pembelajaran jarak jauh. Keterbatasan siswa dalam menerima ilmu sejalan dengan pernyataan bahwa sumber ilmu yang mengubah pendidikan adalah guru yang bisa digugu dan ditiru dengan caranya mengubah karakter hingga mencerdaskan siswa dengan metodenya,
namun kini pembelajaran secara online mengubah pola belajar siswa, cara belajar siswa hingga minat belajar yang di jalaninya. Karena sejatinya “tuntutlah ilmu hingga ke negeri Cina”, pepatah lama yang Rasulullah sampaikan merupakan metode belajar yang mampu membangkitkan semangat belajar yang ada pada diri siswa.
Tidak sampai situ, solusi pembelajaran secara daring bukanlah satu solusi yang mampu di jangkau di dunia pendidikan khususnya di Indonesia yang memiliki begitu banyak keterbatasan. Akan tetapi, menyempurnakan metode belajar dalam menuntut ilmu adalah salah satu tindakan apik yang harus di ambil untuk kemajuan pendidikan saat ini. Karena pendidikan sangat penting dalam kehidupan ini. Maka kita harus terus belajar menuntut ilmu. Ada sebuah pepatah Arab yang memotivasi kita untuk terus belajar selamanya yaitu: "Tuntutlah ilmu dari buaian hingga liang lahat."
Sumber ilmu yang di dapat dari seorang guru mampu mengubah pendidikan dari berbagai hal yang mampu di contoh, ditiru, diikuti dan dilaksanakan sebagai bentuk kemajuan ilmu dan teknologi yang terus berjalan kuat, karena pada dasarnya seorang guru dengan metode pembelajaran yang apiklah suatu ilmu dapat terlealisasikan secara maksimal. Tetapi ada beberapa solusi sistem pendidikan islam yang dapat ditempuh dalam pembelajaran daring ini seperti:
Pertama, Menyiapkan video dengan setiap mata pelajarannya yang ringan dan mudah diterima murid. Khususnya pelajaran agama. Karena, keberhasilan guru atau pendidik dalam melakukan pembelajaran daring pada situasi pandemi Covid-19 ini adalah kemampuan guru dalam berinovasi, merancang, meramu materi online, dan metode pembelajaran, serta adanya aplikasi yang sesuai dengan materi dan metode.
Kedua, Orang tua tetap mengajarkan pesan aqidah dan moral dalam menemani proses belajar anak-anaknya agar tetap fokus dalam pembelajaran daring. Dalam hal ini, orang tua juga lebih mudah dalam membimbing dan mengawasi belajar anak dirumah. Hal tersebut akan menimbulkan komunikasi yang lebih intensif dan akan menimbulkan hubungan kedekatan yang lebih erat antara anak dan orang tua.
Ketiga, Tetap utamakan kebersihan walaupun dalam proses pembelaran daring, agar murid-murid/siswa tetap sehat. Karena kebersihan adalah sebagian dari keimanan seseorang. Dalam ini seperti mencuci tangan sebelum makan dan memegang barang-barang elektronik.
Keempat, Menyiapkan tempat khusus buat anak-anak murid seperti perpustakaan dirumah sendiri. Ini bertujuan agar anak atau peserta didik dapat mencari referensi atau sumber pembelajaran yang lebih akurat.
Kelima, Memberi arahan dan nasehat kepada anak atau peserta didik selama proses belajar daring, seperti menggunakan handphone untuk mengakses berbagai sumber pembelajaran dari tugas yang diberikan oleh guru. Sehingga akan membuat anak menghindari penggunaan gadget pada hal-hal kurang bermanfaat atau negatif.
Dengan beberapa solusi diatas, diharapkan dapat menjadi jalan untuk kemudahan murid-murid dan peserta didik dalam proses transfer ilmu ke diri mereka, walaupun pada dasarnya pemerintah juga harus ikut andil seperti memberi subsidi berupa kuota internet dalam membantu proses pembelajaran daring saat ini. Kemudian, juga dibutuhkan Kerjasama yang baik antara guru, siswa, orangtua siswa dan pihak sekolah/madrasah menjadi faktor penentu agar pembelajaran daring lebih efektif.