Misalnya, tekanan Amerika terhadap isu Laut Tiongkok Selatan tidak selalu selaras dengan sikap netral Indonesia. Hal ini berpotensi menimbulkan ketegangan diplomatik di masa depan.
Isu hak asasi manusia (HAM) juga menjadi kendala dalam hubungan ini. Amerika Serikat pernah membatasi kerjasama militer akibat pelanggaran HAM di masa lalu oleh TNI.
Meski embargo dicabut, stigma terhadap TNI masih menjadi sorotan. Ini memengaruhi proses transfer teknologi dan pelatihan militer secara penuh.
Tantangan teknis juga muncul dalam modernisasi alutsista. Beberapa peralatan militer yang dibeli dari Amerika membutuhkan biaya tinggi untuk perawatan dan operasional.
Keterbatasan anggaran pertahanan Indonesia menjadi hambatan dalam memanfaatkan alutsista secara optimal. Hal ini memperlambat upaya modernisasi kekuatan militer nasional.
