      Gerakan ini berdiri dengan tujuan-tujuan yang tidak sederhana. Di Jawa Barat, DI/TII ingin membentuk negara berlandaskan agama Islam. Namun, negara tersebut harus terlepad dari NKRI. Syariat Islam yang ingin diterapkan DI/TII dikatakan bersumber pada Alqur'an, Hadist, Isma, Qias.
      Pemerintah sempat gagal menumpas DI/TII ketika melakukan pendekatan musyawarah dengan Muhammad Natsir. Terpaksa, Pemerintah menerapkan operasi militer yang disebut Operasi Pagar Betis serta Operasi Baratayudha. Pada 1962, Pengikut DI/TII dijatuhi hukuman mati di hadapan regu tembak.
      Selain contoh-contoh di atas, timbul juga pemberontakan karena menolak perubahan. Pemberontakan Angkatan Perang Ratu Adil (APRA) yang dipimpin Raymond Westerling adalah salah satunya. APRA dilatarbelakangi keinginan Westerling untuk mempertahankan bentuk negara federal. Dalam artian, Westerling menolak Republik Indonesia Serikat. Ia menilai bahwa Soekarno dan Hatta terlalu fokus pada wilayah Jawa.
      Pemberontakan APRA ramai di Jakarta dan Bandung. APRA menyerang Jakarta pada 1950 karena sedang terlaksananya Sidang Kabinet RIS. Sidang tersebut membahas kembalinya Indonesia menjadi bentuk negara kesatuan. Kemudian, barulah APRA menargetkan Bandung.
      APRA semakin terbantu oleh sosok menteri negara yang ditunjuk Soekarno, Hamid. Ia kecewa dengan jabatannya yang hanya menjadi Menteri tanpa portofolio. Akhirnya Ia membantu Westerling mempertahankan negara federal.
      Drs. Moh. Hatta akhirnya turun tangan untuk berunding dengan Komisaris Tinggi Belanda. Westerling akhirnya didesak meninggalkan Bandung. Berkat hal itu, APRA dilumpuhkan oleh pasukan APRIS.  Â
      Tidak hanya APRA, ada juga gerakan yang timbul karena tidak setuju dengan RIS. Gerakan tersebut adalah RMS, atau Republik Maluku Selatan. Setelah bebas dari Belanda, Maluku kembali bersatu dengan Indonesia. Namun, Manusama, pendiri RMS, beranggapan bahwa hal tersebut malah akan memicu masalah.
      Manusama kemudian mengobarkan semangat antipemerintah RIS. Ia juga menjabarkan ketakutannya bahwa rakyat Maluku akan dijajah rakyat Jawa. Setelah RMS diproklamasikan, terungkaplah bahwa KNIL terlibat dalam pendirian RMS. Artinya, Belanda telah ikut campur dengan motif ingin merebut kembali Maluku.
      APRIS (Angkatan Perang Republik Indonesia Serikat) pun mendaratkan pasukannya sebanyak 850 orang untuk melawan RMS. Untuk menghindari kejadian pemberontakan RMS, pemerintah akhirnya mengambil tindakan tegas. Sisa-sisa gerombolan RMS terpaksa harus menerima hukuman mati.
      Kisah pemberontakan Andi Azis juga serupa dengan RMS. Pemberontakan di Makassar ini disebabkan tidak setujunya Andi Azis dengan keputusan pemerintah. Saat itu, NIT (Negara Indonesia Timur) hendak dipersatukan kembali ke NKRI.
      Ternyata, pemberontakan ini bagian dari akal-akalan Belanda untuk kembali memecah Indoensia. Terlebih lagi, Andi Azis dan pengikutnya juga tidak setuju akan kedatangan APRIS. Pada 5 April 1950, APRIS memang berencana datang ke wilayah Makassar. Hal ini tidak disambut baik oleh Andi Azis.
