Museum sonobudoyo ini memiliki dua gedung pameran utama, yaitu gedung pamer baru dan gedung pamer lama. Gedung pamer baru museum ini memiliki 6 tingkat, yang mana masing-masing dari tingkat menyajikan berbagai macam jenis pameran dengan tema tersendiri.
Tingkat pertama pada gedung pamer baru ini menghadirkan tema dengan narasi 'Perjalanan dan Transportasi' dan 'Jamuan dan Perhelatan'. Tema ini menghadirkan koleksi peralatan transportasi mulai dari tradisional hingga modern untuk mengangkut penumpang yang hendak berpergian melawat.
Bagi banyak budaya, perjalanan merupakan salah satu kegiatan yang penting karena hakikat manusia yang selalu berpindah. Perpindahan manusia turut juga menjadikan kemajuan teknologi moda transportasi berkembang pesat.
Tingkat kedua, tingkat ini menghadirkan ‘Seni Pertunjukan dan Wayang‘ yaitu ”Boneka yang menghidupkan Dunia”. Ruang ini hadir sebagai bentuk representasi setelah ruang profan sebelumnya.
Seni pertunjukan merupakan sebuah ungkapan budaya, wahana untuk menyampaikan nilai-nilai budaya, dan perwujudan norma-norma estetik artistik yang berkembang sesuai dengan zaman.
Tingkat ketiga,Tingkat ini menyajikan pameran senjata-senjata tradisional kuno dan juga keris.Di Jawa, keris tak hanya dimaknai sebagai senjata tradisional semata.
Di dalamnya terkandung nilai-nilai filosofis, kosmologis, dan ontologis, yang memuat konsepsi hubungan Tuhan dan manusia, maupun hubungan antar sesama manusia.
Tingkat keempat, tingkat ini menghadirkan narasi mengenai Daur Hidup dan Wastra Busana yang dihadirkan dalam bentuk koleksi batik.
Daur hidup dipahami sebagai proses perubahan fase dalam kehidupan manusia. Perubahan setiap fase dalam siklus kehidupan ini selanjutnya dikelompokkan dalam tiga fase, antara lain. 1) Fase Prenatal dan Kelahiran, 2) Fase Pertumbuhan dan Perkawinan, dan 3) Fase Kematian.
Masing-masing dari fase tersebut berhubungan langsung dengan simbol, nilai, dan pengharapan. Perwujudan langsung dari simbol tersebut, pada umumnya dimanifestasikan oleh Masyarakat Jawa melalui motif batik.
